Dear Gromacs Users,<div><br></div><div>Greetings of the day!!</div><div><br></div><div>I am simulating a system of Protein-Mg-GTP complex. There are 2 states for the same, state 1 and state2. The difference lies in the presence of 2 specific H-bonds in the state 2 ,which are absent in state 1.</div>
<div>Now, I need to find the energy barrier that was crossed to reach state 2 (2 H-bonds) from state 1. Can you suggest me some way to find this energy barrier in gromacs ? <br><div><div><br></div><div>Thanks in anticipation.</div>
-- <br><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif" size="2">Regards,<br><br>Neeru Sharma<br>Project Engineer,<br>Molecular Modelling Team, Bioinformatics Group,<br>Centre for Development of Advanced Computing (CDAC), <br>
</font><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif" size="2">Ganeshkhind, Pune University Campus,<br></font><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif" size="2">Pune, Maharashtra - 411007</font><br><br>
</div></div>