
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    It seems that redefinition comes from including tow different

    ions.itp files, here:<br>

    <blockquote

cite="mid:CAAr94NP_ErtecRB_myzyVhx9e6UVZk6pmdr1D_vmbVydQX4XPg@mail.gmail.com"

      type="cite">

      ; Include topology for ions<br>

      #include "gromos43a1.ff/ions.itp"<br>

      #include "ions.itp"</blockquote>

    <br>

    Javier<br>

    <br>

    <br>

    El 06/06/12 10:51, Seera Suryanarayana escribi&oacute;:

    <blockquote

cite="mid:CAAr94NP_ErtecRB_myzyVhx9e6UVZk6pmdr1D_vmbVydQX4XPg@mail.gmail.com"

      type="cite">Dear all gromacs users,<br>

      <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After added the counter ions to

      the top file and further i used 'grompp' commond,i got the

      following error.<br>

      <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fatal error:<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; moleculetype

      CU1 is redefined.<br>

      <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This error occurs due the

      duplication of CU1 in .top file. But i cannot find that error in

      my .top file.Here i am sending my .top file. Kindly tell me how to

      overcome this error.<br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

      ;<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; File '1UZ9.top' was generated<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; By user: onbekend (0)<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On host: onbekend<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; At date: Thu Jun&nbsp; 7 13:55:15 2012<br>

      ;<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is a standalone topology file<br>

      ;<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; It was generated using program:<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pdb2gmx - VERSION 4.5.5<br>

      ;<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Command line was:<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pdb2gmx -f 1UZ9.pdb -o 1UZ9.gro -p 1UZ9.top<br>

      ;<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Force field was read from the standard Gromacs share

      directory.<br>

      ;<br>

      <br>

      ; Include forcefield parameters<br>

      #include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"<br>

      <br>

      ; Include chain topologies<br>

      #include "1UZ9_Protein_chain_A.itp"<br>

      #include "1UZ9_Protein_chain_B.itp"<br>

      <br>

      ; Include water topology<br>

      #include "gromos43a1.ff/spc.itp"<br>

      <br>

      #ifdef POSRES_WATER<br>

      ; Position restraint for each water oxygen<br>

      [ position_restraints ]<br>

      ;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br>

      &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<br>

      #endif<br>

      <br>

      ; Include topology for ions<br>

      #include "gromos43a1.ff/ions.itp"<br>

      #include "ions.itp"<br>

      [ system ]<br>

      ; Name<br>

      Protein in water<br>

      <br>

      [ molecules ]<br>

      ; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>

      Protein_chain_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      Protein_chain_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13532<br>

      NA charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

      /Add NA ions<br>

      <br>

      Thanks and regards<br>

      <br>

      Suryanarayana Seera,<br>

      JRF,<br>

      India. <br>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

    <div class="moz-signature">-- <br>

      Javier CEREZO BASTIDA<br>

      PhD Student<br>

      Physical Chemistry<br>

      Universidad de Murcia<br>

      Murcia (Spain)<br>

      Tel: (+34)868887434

    </div>

  </body>

</html>