<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

<meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">

<style><!--

/* Font Definitions */

@font-face

        {font-family:Helvetica;

        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}

@font-face

        {font-family:Helvetica;

        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}

@font-face

        {font-family:Calibri;

        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}

@font-face

        {font-family:Tahoma;

        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}

/* Style Definitions */

p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal

        {margin:0cm;

        margin-bottom:.0001pt;

        font-size:12.0pt;

        font-family:"Times New Roman","serif";}

a:link, span.MsoHyperlink

        {mso-style-priority:99;

        color:blue;

        text-decoration:underline;}

a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed

        {mso-style-priority:99;

        color:purple;

        text-decoration:underline;}

span.EmailStyle17

        {mso-style-type:personal-reply;

        font-family:"Calibri","sans-serif";

        color:#1F497D;}

.MsoChpDefault

        {mso-style-type:export-only;}

@page WordSection1

        {size:612.0pt 792.0pt;

        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}

div.WordSection1

        {page:WordSection1;}

--></style><!--[if gte mso 9]><xml>

<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />

</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>

<o:shapelayout v:ext="edit">

<o:idmap v:ext="edit" data="1" />

</o:shapelayout></xml><![endif]-->

</head>

<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">

<div class="WordSection1">

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Triolein only?&nbsp; What is the density of your box?&nbsp; By coagulated, do you mean there is vacuum in the box?<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Appears that all that has happened is you have placed insufficient number of molecules in the box to fill it entirely.&nbsp; You can either start by putting more

 molecules in the box or run the simulation with pressure coupling actually on, you have done NVT, not NPT as you have indicated.<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Catch ya,<br>

<br>

Dr. Dallas Warren<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Drug Discovery Biology<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Monash Institute of Pharmaceutical Sciences</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">, Monash University<br>

381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>

dallas.warren@monash.edu<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">&#43;61 3 9903 9304<br>

---------------------------------<br>

When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a nail.</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">

<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt">

<div>

<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">

<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org]

<b>On Behalf Of </b>mahnam karim<br>

<b>Sent:</b> Thursday, 7 June 2012 5:15 PM<br>

<b>To:</b> gmx-users@gromacs.org<br>

<b>Subject:</b> [gmx-users] cluster fomation in triolein simulation<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<div>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt"><br>

&nbsp; <o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class="MsoNormal">In God We Trust <br>

Hello Dear gmx-users &nbsp; <br>

&nbsp;I want to simulate oliver oil by Gromacs. I made topology of triolein with&nbsp; G45a3 force field at NPT ensemble (according to SCHULER paper ; Journal of Computational Chemistry, Vol. 22, No. 11, 1205–1218 (2001). &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; I generated a box with 216&nbsp; triolein

 molecules that had&nbsp; random orientation&nbsp; by genconf and used it as starting structure.

<br>

After minimization and 50 ps MD simulation, system become coagulate and some clusters were formed, Is it normal for triolein?.What is my wrong?.Here is my mdp file:

<br>

nvt.mdp: <br>

title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; n.pdb <br>

warnings&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10 <br>

cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp <br>

constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none <br>

integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md <br>

dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.001 <br>

nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 50000000 <br>

nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500 <br>

nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10000 <br>

nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>

nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10000 <br>

nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000 <br>

nstcalcenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10 <br>

nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5 <br>

ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid <br>

rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.8 <br>

coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME <br>

vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = shift <br>

rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.8 <br>

rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.4 <br>

fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>

fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>

fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>

pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4 <br>

ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1e-5 <br>

optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes <br>

energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = DRG&nbsp;&nbsp; ; check charge groups and energy groups! <br>

fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 <br>

rlistlong = 1.6 <br>

<br>

; Berendsen temperature coupling is on in three groups <br>

Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; V-rescale <br>

tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>

tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>

ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>

; Pressure coupling is&nbsp; on <br>

Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no <br>

tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1 <br>

compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5 <br>

ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 <br>

; Generate velocites is on at 300 K. <br>

gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes <br>

gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300.0 <br>

gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529 <br>

<br>

<br>

Thank&nbsp; you very much for your help.&nbsp; <o:p></o:p></p>

<div>

<p class="MsoNormal"><br>

&nbsp; <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">Yours truly <br>

Karim Mahnam (PhD, Assistant Professor) <br>

Biology Dept., Faculty of Sciences, Shahrekod University, IRAN. <br>

Tel. 098-0381-4424407&nbsp; Fax. 098-0381-4424419 <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>