Dear Justin,<br><br>Greetings of the day!!<br><br>I am following your tutorial for the calculation of free energy change in gromacs.<br><br>It says about the change in state A and state B. I have a query regarding these states. What are the 2 states A and B in the tutorial and how can I define these 2 states for my system? <br>
<br>For example, I have a Protein-Mg-GTP complex (In initial state A, 2 specific H-bonds are absent and in the final state, these 2 H-bonds are present). So, how can I implement this for the calculation of change in free energy to my system?<br>
<br><br><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif" size="2">Thanks and Regards,<br><br>Neeru Sharma<br>CDAC, Pune, India<br></font><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif" size="2"></font><br>