Hi,<br><br>After Successfully neutralizing and sd minimization of the system, I got the below error when I try the grompp for position restrained step. The command I used is :grompp -v -f eqn1.mdp -c complx_sd.pdb -p complx.top -o complx_eqn1.tpr <br>
<br>Any help will be highly appreciated.<br><br>Many thanks.<br><br><br>Error message:<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.5.5<br>Source code file: readir.c, line: 1320<br>
<br>Fatal error:<br>Group CA not found in index file.<br>Group names must match either [moleculetype] names<br>or custom index group names,in which case you<br>must supply an index file to the &#39;-n&#39; option of grompp.<br>
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>-------------------------------------------------------<br>