<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 8, 2012 at 12:21 PM, Wang, Yuhang <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ywang148@illinois.edu" target="_blank">ywang148@illinois.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">






<div>
<div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">Dear Gromacs developers,<br>
<div style="font-size:16px;font-family:Times New Roman">
<div>
<div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">
<div style="font-size:16px;font-family:Times New Roman">
<div>
<div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">
<br>
I have benchmarked the desolvation free energy calculation of Na+ ion using Gromacs and NAMD (for comparison). There is a large difference in the electrostatic desolvation free energy (see below and the attached figure):<br>


<br>
Gromacs: 82.10(raw)+11.65(Ewald correction) = 93.75 kcal/mol<br>
NAMD:     93.62(raw)+11.23(Ewald correction) = 104.85 kcal/mol<br>
<br>
Both of them are FEP calculations with perturbation of electrostatic interactions and used the same Lennard-Jones parameters:<br>
sigma=0.243 nm, epsilon=0.196 kJ/mol (0.0469 kca/mol)<br>
<br>
Ewald correction was calculated by: 0.5*(2.837297/L)*331 (unit: kcal/mol), &quot;L&quot; is the cubic box length.<br>
<br>
Question: how can I explain the difference? Does Gromacs have a different PME implementation than NAMD?<br></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote><div>Since you are using PME (and not PME-Switch) you don&#39;t have a buffer region. That is different from NAMD. So if you want to make sure that this isn&#39;t the cause of the difference you might want to check Gromacs with PME-Switch. If you don&#39;t mind pre-release code you can also try out pre-4.6 and verlet-PME that is even closer to how it is in NAMD: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2012-March/005674.html">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2012-March/005674.html</a></div>

<div><br></div><div>PS: Please send user questions to gmx-users not gmx-developers.</div><div><br></div><div>Roland</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div><div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma"><div style="font-size:16px;font-family:Times New Roman"><div><div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma"><div style="font-size:16px;font-family:Times New Roman">

<div><div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">
<br>
P.S. my input scripts are in the attachments.<br>
<br>
<br>
Steven W.<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>