<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div style="RIGHT: auto"><SPAN style="RIGHT: auto">Hi,</SPAN></div>
<div style="RIGHT: auto"><SPAN style="RIGHT: auto"></SPAN>&nbsp;</div>
<div style="RIGHT: auto"><SPAN style="RIGHT: auto">if&nbsp;you want to continue&nbsp;the&nbsp;simulation,&nbsp;you'd better use tpbconv command to generate a new *.tpr,&nbsp;or if you are using grompp command you have also to&nbsp;have&nbsp;</SPAN></div>
<div style="RIGHT: auto"><SPAN style="RIGHT: auto">-c previouse.tpr in the command line, there is no need for *.gro or *.top<VAR id=yui-ie-cursor></VAR>.&nbsp;</SPAN><SPAN style="RIGHT: auto">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN><SPAN style="RIGHT: auto">&nbsp;</SPAN></div>
<div style="RIGHT: auto"><BR style="RIGHT: auto"></div>
<DIV style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; FONT-SIZE: 12pt">
<DIV style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; FONT-SIZE: 12pt">
<DIV style="RIGHT: auto" dir=ltr><FONT size=2 face=Arial>
<DIV style="BORDER-BOTTOM: #ccc 1px solid; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; PADDING-BOTTOM: 0px; LINE-HEIGHT: 0; MARGIN: 5px 0px; PADDING-LEFT: 0px; PADDING-RIGHT: 0px; HEIGHT: 0px; FONT-SIZE: 0px; BORDER-TOP: #ccc 1px solid; BORDER-RIGHT: #ccc 1px solid; PADDING-TOP: 0px" class=hr contentEditable=false readonly="true"></DIV><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">From:</SPAN></B> delara aghaie &lt;d_aghaie@yahoo.com&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">To:</SPAN></B> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Sent:</SPAN></B> Monday, June 11, 2012 9:13 AM<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Subject:</SPAN></B> [gmx-users] MD continuation<BR></FONT></DIV><BR>
<DIV id=yiv699639350>
<DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt">
<DIV><SPAN><BR></SPAN></DIV><SPAN style="FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif; FONT-WEIGHT: bold">Hello</SPAN><BR style="FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif; FONT-WEIGHT: bold"><SPAN style="FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif; FONT-WEIGHT: bold">I want to make sure about the command that I use. I have MD result for protein simulation MD for 1 ns. I want to continue this simulation for longer time. Check point file should be used for continuation:</SPAN><BR>
<DIV style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; FONT-SIZE: 12pt">
<DIV style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; FONT-SIZE: 12pt"><FONT face=Arial><FONT size=3><PRE>grompp -f md.mdp -c md-out.gro -t md.cpt -p topol.top -o md_2.tpr<BR><BR>** md-out.gro is the latest coordinate file that I have after 1 ns MD
 simulation<BR><BR>** md.cpt is  the output of 1 ns simulation<BR><BR><SPAN style="FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif; FONT-WEIGHT: bold">Is this command line enough to get the appropriate run input file for continuation?</SPAN><BR style="FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif; FONT-WEIGHT: bold"><BR style="FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif; FONT-WEIGHT: bold"><SPAN style="FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif; FONT-WEIGHT: bold">Thanks for your time</SPAN><BR style="FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif; FONT-WEIGHT: bold"><SPAN style="FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif; FONT-WEIGHT: bold">D.M</SPAN><BR></PRE></FONT></FONT></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV><BR>-- <BR>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
 target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A><BR><BR></DIV></DIV></div></body></html>