<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Dear Gromacs users</span></div><div><span>I have a question abut radius of gyration in proteins. I want to calculate it via MD simulation for calcium pump protein. Following the same method as described in justin lezozyme tutorial, we have dissolved the protein in water.</span></div><div><span>I want to know that is it wise to study this parameter for this protein out of membrane and only in the box of water???</span></div><div><span>Thanks</span></div><div><span>regards</span></div><div><span>D.M</span></div><div><br></div>  <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Anja Kuhnhold
 &lt;anja.kuhnhold@physik.uni-halle.de&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> gmx-users@gromacs.org <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Friday, 8 June 2012, 12:29<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> [gmx-users] Re: energy conservation: shift vs shifted user potential<br> </font> </div> <br>Hello all,<br><br>can someone give me a hint, please?<br>Do you need more information?<br>Has anyone had a similar problem.<br><br>I really need to figure that out, because I will simulate other systems<br>which can be run only with user tables.<br><br>Anja<br><br><br><br>-<br>&gt; ----- Original Message -----<br>&gt; ----- Original Message -----<br>&gt; From&nbsp;Anja Kuhnhold &lt;<a ymailto="mailto:anja.kuhnhold@physik.uni-halle.de" href="mailto:anja.kuhnhold@physik.uni-halle.de">anja.kuhnhold@physik.uni-halle.de</a>&gt;<br>&gt; Date&nbsp;Wed, 06 Jun 2012 15:07:40 +0200<br>&gt; To&nbsp;<a
 ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; Subject&nbsp;[gmx-users] energy conservation: shift vs shifted user potential<br>&gt; Dear gmx-users,<br>&gt; <br>&gt; I have a problem concerning energy conservation when using user <br>&gt; potentials (tables).<br>&gt; I'm using gromacs 4.5.4<br>&gt; I simulate a simple Lennard-Jones(6-12) +Fene polymer melt (1600 <br>&gt; chains a 10 beads in a 26x26x26 periodic box).<br>&gt; <br>&gt; I tried different vdwtypes (cutoff always 3.24):<br>&gt; The cut-off version does not conserve energy -- okay.<br>&gt; The shift and switch versions conserve energy -- fine.<br>&gt; <br>&gt; Now I wanted to do the same with user tables:<br>&gt; Simple Lennard-Jones table gives really the same results as the <br>&gt; cut-off version -- good.<br>&gt; <br>&gt; But if I use a table with shifted Lennard-Jones potential it is not <br>&gt; comparable to the shift
 version<br>&gt; and the energy is not conserved -- ?<br>&gt; <br>&gt; I use a shift function as written in the manual (chapter 4.1.5) -- <br>&gt; there must be a factor alpha added in the constants A and B --<br>&gt; (r1=0).<br>&gt; <br>&gt; The parameters are the same for shift version and shifted user version.<br>&gt; <br>&gt; Has someone an idea why the shifted user potential doesn't work in <br>&gt; this way?<br>&gt; <br>&gt; Here is the mdp:<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = md-vv<br>&gt; dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0035<br>&gt; nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>&gt; nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&gt; nstvout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&gt; nstfout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&gt; nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&gt; ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>&gt; pbc&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>&gt; rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3.24<br>&gt; rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3.6<br>&gt; tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>&gt; tc-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>&gt; tau_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.0<br>&gt; ref_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 127.2717<br>&gt; vdwtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = user;Shift<br>&gt; rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3.6;2.24;1.12<br>&gt; coulombtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>&gt; rvdw-switch&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>&gt; <br>&gt; energygrps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = bead<br>&gt; energygrp_table&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = bead bead<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Thanks in advance<br>&gt; Anja<br>&gt; <br><br>--<br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before
 posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>