Hi  Justin, thank you for quick reply.<br>You are right I have practicle result, And I want to replicate them..<br><br>Thank you for your suggestion..<br><br>With Best Wishes,<br>Rama David <br><br><div class="gmail_quote">
On Mon, Jun 11, 2012 at 3:58 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im"><br>
<br>
On 6/11/12 6:23 AM, rama david wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Hi Mark,<br>
<br>
I did simulation of the same system in vacuum, and system behave the normally,<br>
So the instability  in the system is due to the spc Water model???<br>
As per the link <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/Terminology/<u></u>Blowing_Up</a><br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
The water model is not the problem.  Your solvated system has clashes that cause instability.  In vacuo, your solute has greater freedom to shift around.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I think the source is (Please tell me is it right..?? or any else reason  )<br>
last option :<br>
you have a single water molecule somewhere within the system that is isolated<br>
from the other water molecules.<br>
<br>
<br>
How to find such water molecule and solve the problem??<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
I think this is unlikely.  If you have any isolated waters, they might be sandwiched somewhere in your protein layers and should be easy to spot.  The best strategy is to use the output of EM to your advantage.  Look at the atom that had the highest force on it.  What is it near?  What might it be clashing with?  What if you run EM in vacuo, followed by solvation, and another round of EM?<br>

<br>
>From your earlier description, it seems to me that the system has been constructed to replicate some known experimental spacing, but doing so does not guarantee that whatever peptide structure you are replicating will necessarily produce a sensible result, or one that is free from clashes.  Hence, you need to refine the model before continuing.<span class="HOEnZb"></span><br>
</blockquote></div><br><br><br>