Have you tryed online servers as <a href="http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/">http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/</a> or the Acpype (with Amber)?<br><br><div class="gmail_quote">2012/6/11 Marc Gordon <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:marcgrdn55@gmail.com" target="_blank">marcgrdn55@gmail.com</a>&gt;</span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello again fellow gromacs users.<br><br>I am looking to model a glucose-rhamnose disaccharide using the 53a6 forcefield. I wanted to take a look at the naming conventions for carbohydrates but I&#39;m battling to find anything in the pdb2gmx force field files.<br>


<br>I downloaded a package of force fields from the GROMOS website to get an idea about naming conventions for carbohydrates and couldn&#39;t see any mention of rhamnose anywhere. (allose, altrose, glucose, mannose, gulose, idose, galactose and talose are mentioned but no rhamnose).<br>


<br>Does anyone have any information on naming conventions for rhamnose or whether or not rhamnose was ever present in this force field?<br><br><br>Regards<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>Marc<br>
</font></span><br>--<br>
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