Dear all!<br><br><br>Recently I&#39;ve forced with the opposite problem. I have pre-equilbrated bilayer of highter dimensions than I need. How I could reduce lipid number of such bilayer as well as reduce total dimensions of such system ?<br>
<br>E.g I have preequilibrated bilayer consisted of 340 lipids. I want to reduce it to the 200 lipids by the symmetrical deletion of the unnecessary lipids from each side. Is there simplest way to do it ?<br><br>James<br>
<br><div class="gmail_quote">2012/5/28 Jon Kapla <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jon.kapla@mmk.su.se" target="_blank">jon.kapla@mmk.su.se</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">

  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi,<br>
    <br>
    The easiest solution is probably to write a script that reorders the
    structure file (gro for example, just swap the lines in each lipid,
    and use &quot;editconf -f file.gro -resnr 1&quot;  to renumber) the way it is
    written in the topology.<br>
    <br>
    Cheers<br>
    Jon<div><div class="h5"><br>
    <br>
    On 2012-05-28 08:03, James Starlight wrote:
    <blockquote type="cite">Peter,<br>
      <br>
      Thanks for advise. <br>
      <br>
      I&#39;ve found already pre-equilibrated POPC bilayers with 200 lipids.
      I&#39;ve examined that lipids and found that they are very similar to
      the berger&#39;s lipids (it consists of equal nymber of atoms ) but
      the atom order in each lipid is slightly different than in
      Tieleman&#39;s popc.itp file so during processing of that lipids I&#39;ve
      got error of non-matching atoms. Is there any trivial way to make
      new popc.itp based on existing gro file with correct atom order ?<br>
      <br>
      <br>
      James<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">2012/5/26 Peter C. Lai <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pcl@uab.edu" target="_blank">pcl@uab.edu</a>&gt;</span><br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
          Either use genbox -cs popc128b.gro or genconf -f popc128b.gro
          -nbox x y 0<br>
          Tieleman&#39;s lipids require you to generate a dummy tpr for use
          with trjconv<br>
          to unwrap the pbc (trjconv -s em.tpr -f popc128b.pdb -o
          popc128b-nopbc.gro<br>
          -pbc mol -ur compact) first.<br>
          <br>
          Lots of people have their own bilayer but they may be for
          different FFs<br>
          which means the atom naming would not be immediately be
          compatible with<br>
          your FF; for example mine are built for charmm36 and would
          require atom<br>
          renaming for another FF, even charmm27.<br>
          <div>
            <div><br>
              On 2012-05-26 11:24:12AM +0400, James Starlight wrote:<br>
              &gt; Dear Gromacs Users!<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt; I want to perform MD simulation of my membrane
              protein in POPC or POPE<br>
              &gt; bilayer using Tieleman&#39;s parameters for lipids by
              means of gromos united<br>
              &gt; atom force field. The main problem is that the
              pre-equilibrated bilayers<br>
              &gt; wich I found on the Dr. Tieleman&#39;s site consist of no
              more that 128 lipids<br>
              &gt; but I want to simulate my protein with bigger number
              of lipids ( for<br>
              &gt; example starting from 200 lipids ).<br>
              &gt;  What should I do in that case ?  Could you provide
              me with  some tools for<br>
              &gt; construction of such united-atoms bilayers with
              desired dimensions ?<br>
              &gt; Finally is there any others pre-equilibrated bilayers
              aviable for<br>
              &gt; downloading besides Dr. Tieleman&#39;s site ?<br>
              &gt;<br>
              &gt;<br>
              &gt; thanks for your help,<br>
              &gt;<br>
              &gt; James S.<br>
              <br>
            </div>
          </div>
          &gt; --<br>
          &gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
          &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
          &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
          before posting!<br>
          &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use
          the<br>
          &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
          &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
          <span><font color="#888888"><br>
              <br>
              --<br>
==================================================================<br>
              Peter C. Lai                    | University of
              Alabama-Birmingham<br>
              Programmer/Analyst              | KAUL 752A<br>
              Genetics, Div. of Research      | 705 South 20th Street<br>
              <a href="mailto:pcl@uab.edu" target="_blank">pcl@uab.edu</a>
                                  | Birmingham AL 35294-4461<br>
              (205) 690-0808                  |<br>
==================================================================<br>
              <br>
              --<br>
              gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use
              the<br>
              www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </font></span></blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    </div></div><pre cols="72">-- 
_____________________________________________________

Jon Kapla
  Division of Physical Chemistry
  Dpt. of Materials and Environmental Chemistry (MMK)
  Arrhenius Laboratory
  Stockholm University
  SE-106 91 Stockholm
Pos:    PhD Student
Phone:  +46 8 16 11 79 (office)
Phone:  +46 70 304 19 89 (cell)
E-mail: <a href="mailto:jon.kapla@mmk.su.se" target="_blank">jon.kapla@mmk.su.se</a>
_____________________________________________________
</pre>
  </div>

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gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
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