Hi Gromacs Friends,<br> <br>I planed to do simulated annealing...<br>My protocol is as follow <br>( forcefield G96 53a6   spc water model)<br><br>1. nvt at 310 k for 100 ps <br>2. Sa (mdp is posted below )<br>3. NPT at 310 k for 100 ps <br>
<br>Is it right ??<br><br>Please suggest me improvements...<br><br>Sa mdp file <br><br>title        = gromacs<br>define        = -DPOSRES    ; position restrain the protein<br><br>nstcomm        = 1<br>comm-mode    = Linear; Run parameters<br>
integrator    = md        ; leap-frog integrator<br>nsteps        = 500000        ; 2 * 50000 = 100 ps<br>dt        = 0.002        ; 2 fs<br>; Output control<br>nstxout        = 1000        ; save coordinates every 0.2 ps<br>
nstvout        = 1000        ; save velocities every 0.2 ps<br>nstenergy    = 1000        ; save energies every 0.2 ps<br>nstlog        = 1000        ; update log file every 0.2 ps<br>; Bond parameters<br>continuation    = yes        ; Restarting after NVT <br>
constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints <br>constraints    = all-bonds    ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained<br>lincs_iter    = 1        ; accuracy of LINCS<br>lincs_order    = 4        ; also related to accuracy<br>
; Neighborsearching<br>ns_type        = grid        ; search neighboring grid cells<br>nstlist        = 5        ; 10 fs<br>rlist        = 0.9        ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>rcoulomb    = 0.9        ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>
vdw-type        = Cut-off<br>rvdw        = 1.4        ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>; Electrostatics<br>coulombtype    = PME        ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics<br>pme_order    = 4        ; cubic interpolation<br>
fourierspacing    = 0.16        ; grid spacing for FFT<br>; Temperature coupling is on<br>tcoupl        = V-rescale    ; modified Berendsen thermostat<br>tc-grps        = Protein Non-Protein    ; two coupling groups - more accurate<br>
tau_t        = 0.1    0.1    ; time constant, in ps<br>ref_t        = 310     310    ; reference temperature, one for each group, in K<br>; Pressure coupling is on<br>pcoupl        = Parrinello-Rahman    ; Pressure coupling on in NPT<br>
pcoupltype    = isotropic    ; uniform scaling of box vectors<br>tau_p        = 2.0        ; time constant, in ps<br>ref_p        = 1.0        ; reference pressure, in bar<br>compressibility = 4.5e-5    ; isothermal compressibility of water, bar^-1<br>
; Periodic boundary conditions<br>pbc        = xyz        ; 3-D PBC<br>; Dispersion correction<br>DispCorr    = EnerPres    ; account for cut-off vdW scheme<br>; Velocity generation<br>gen_vel        = no        ; Velocity generation is off <br>
; Simulated annealing<br>annealing               = single single<br>annealing_npoints        =  4  4<br>annealing_time          =  0  200  400 600 0 200 400 600 <br>annealing_temp          = 310 323 300 310  310 323 300 310 <br>
<br><br><br><br>Thank you in advance <br><br>With Best Wishes,<br>Rama David <br>