<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div><span>Dear Justin</span></div><div><span>I use gromacs (4.0.5).</span></div><div><span>This is the command line:</span></div><div>g_rdf -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -xy -o rdf.xvg</div><div><br></div><div>This is what appears on the screen and stops there without any change !!!</div><div>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</div><div>Select a group: 3<br>Selected 3: 'C-alpha'<br>Select a group: 3<br>Selected 3: 'C-alpha'<br>Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000<br>---------------------------------------------------------------------------------------</div><div>According to what you said I checked it for DPPC monolayer adsorbed on water surface. Again the same thing happened
 .........................<br></div><div><br></div><div> This was the system that I have previously plotted so many rdf plots with -xy option for that. But that time the gromacs version was 3.3.3, something like this.</div><div><br></div><div>So It seems there is something wrong with this gromacs version.</div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Regards</div><div>D.M<br></div><div><br></div>  <div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> delara aghaie &lt;d_aghaie@yahoo.com&gt;; Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Tuesday, 12 June 2012, 15:45<br>
 <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] g_rdf (lyzozyme tutorial)<br> </font> </div> <br><br><br>On 6/12/12 5:16 AM, delara aghaie wrote:<br>&gt; Dear Gromacs users<br>&gt; Today I encountered a new error.<br>&gt; I want to calculte RDF for my protein's (alpha-c) dissolved in water.<br>&gt; <br>&gt; when I use the command line:<br>&gt; g_rdf -f traj.xtc -s topol.tpr -o rdf.xvg<br>&gt; <br>&gt; and I choose 3 for (C-alpha) for both the reference and target groups, every<br>&gt; thing goes well and I will have the rdf plot.<br>&gt; <br>&gt; Now if I add option (-xy) to use the only x and y components, and then I choose<br>&gt; my two groups, the program does not do anything and it stops !!<br>&gt; This is right even for the lyzozyme protein in Justin's tutorial.<br>&gt; <br><br>What version of Gromacs is this?&nbsp; Does g_rdf simply stop, or does it produce an error?&nbsp; Does it produce a segmentation fault?<br><br>Also
 note that the -xy option is much more useful for systems involving surfaces or membranes; I doubt it will be very informative for a system that tumbles in 3 dimensions.&nbsp; Notwithstanding, if there's a bug it should be fixed, but it may not be critical.<br><br>-Justin<br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul, Ph.D.<br>Research Scientist<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br><br><br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>