Hello Justin and Ravi,<br><br>Lets explain me Why I  did simulated anealing?? ..<br><br><br>I synthesise peptide and I have experimental data for its self assembly,<br>I just want to reproduced these data.<br><br><br>I arranged the 32 protein in axis to petide fibre, in antiparrallel Beta sheet structure.<br>
I dont have crystal structure ,<br><br>Thats why I did SA in the hope that after these the side chain may be get properly oriented with respect to each other.That will give me good structure for production run.<br> I also run system withought SA , but I get good result by following SA  protocol. <br>
<br>In posrestrain only backbone is restrained and the sidechain is free to move, So I <br>think it may be help to achieve my goal.<br><br>After these I also plan  to use SA as production run, then compare the result with previous protocols.<br>
<br>Please give valuable suggestion to improve my study protocol..<br> <br><br>With Best Wishes,<br>Rama David.<br>