<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div>Dear Gromacs users</div><div>Using bdp2gmx command to obtain topology and .gro file for 1AU1.pdb I get the following error:</div><div>I should mention that I have selected OPLS force field.</div><div><br></div><div>1) how can I reach to the conclusion that special forcefield is better fo my system?</div><div><br></div><div>2) This is the error:</div><div><br></div><div>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 4.5.5<br>Source code file: pdb2gmx.c, line: 655<br><br>Fatal error:<br>Atom HB3 in residue ARG 71 was not found in rtp entry ARG with 24 atoms<br>while sorting atoms.<br><br>For a hydrogen, this can be a different protonation state, or it<br>might have had a different number in the PDB file and was rebuilt<br>(it might for instance have been H3, and we only expected H1 &amp; H2).<br>Note
 that hydrogens might have been added to the entry for the N-terminus.<br>Remove this hydrogen or choose a different protonation state to solve it.<br>Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br>-------------------------------------------------------</div><div>Any help would be greatly appreciated..</div><div>Thanks</div><div>Regards</div><div>D.M<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></body></html>