<html>

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    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 12/06/2012 9:14 PM, rama david wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAD=-SYH8Yhzn4bYB-TmreZ-YLB=RsA-MYySCif1=9W11106F1Q@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      <br>

      <div class="gmail_quote">On Tue, Jun 12, 2012 at 4:40 PM, rama

        david <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:ramadavidgroup@gmail.com" target="_blank">ramadavidgroup@gmail.com</a>&gt;</span>

        wrote:<br>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0

          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

          <br>

          Hi Gromacs Friends,<br>

          <br>

          I did NPT for 100 ps with folowing parameter <br>

          <br>

          ; Temperature coupling is on<br>

          tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = V-rescale&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; modified Berendsen thermostat<br>

          tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein Non-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; two coupling groups

          - more accurate<br>

          tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; time constant, in ps<br>

          ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 310 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 310&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; reference temperature, one for

          each group, in K<br>

          ; Pressure coupling is on<br>

          pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Pressure coupling on in

          NPT<br>

          pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; uniform scaling of box vectors<br>

          tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; time constant, in ps<br>

          ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; reference pressure, in bar<br>

          <br>

          <br>

          I got foolowing result by using g_energy <br>

          <br>

          Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;

          Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

          Pressure&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.99675&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.66&nbsp;&nbsp;&nbsp; 518.604&nbsp;&nbsp;

          -2.89716&nbsp; (bar)<br>

          <br>

          <br>

          Is it is right??<br>

          Is the system is equilibrated or I need to give more time

          ?????<br>

        </blockquote>

      </div>

      &nbsp;I am worried because of avg is -ve ...<br>

    </blockquote>

    <br>

    The sign reflects the tendency of the system to expand or contract.

    No big deal. Also, as Justin said, this value is not significantly

    different from your reference value. See <a

      href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure</a><br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>