HI,<div><br></div><div>Sorry for wrongly typing. The command I issued is:  grompp 
-v -f hex1.mdp -c hex1.pdb -p hex1.top -o hex1.tpr.   </div><div><br></div><div>The error is bellow:</div><div><br></div><div><br class="Apple-interchange-newline">Error:<br>Program grompp, VERSION 4.5.4<br>Source code file: futil.c, line: 491<br>
<br>File input/output error:<br>hex1.gro<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/Errors</a> </div>
<div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 13, 2012 at 7:52 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im"><br>
<br>
On 6/13/12 7:36 AM, Malai wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
<br>
I used the command following to generate .tpr file for production but I got the<br>
following error. Without considering this error, I run production but it is<br>
working now. any problem will be in production?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
The command below makes no sense; how is it that you were able to produce a .tpr file for your simulation?<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
-v -f hex1.mpb -c hex1.pdb -p hex1.top -o hex1.pdb<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
This is not the command you typed (it contains several errors, both logical and typographical), and it certainly has nothing to do with the error below, as no reference is made to a file called &quot;hex1.gro.&quot;  When reporting problems, please always copy and paste directly from your terminal.  Re-typing what you think you typed is error prone and wastes time.<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Error:<br>
Program grompp, VERSION 4.5.4<br>
Source code file: futil.c, line: 491<br>
<br>
File input/output error:<br>
hex1.gro<br>
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>
website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/Errors</a><br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
I/O errors occur when either a file isn&#39;t found in the working directory (i.e. doesn&#39;t exist) or can&#39;t be produced (insufficient permission or disk space to write the file).<br>
<br>
-Justin<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul, Ph.D.<br>
Research Scientist<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>