Dear Gromacs Users!<br><br>I&#39;ve forced with the problem durin insertion of my protein into pre-equilibrated bilayer via G_Membed. <br><br>I&#39;ve done all steps in accordance to the KALP tutorial ( I&#39;ve oriented both membrane as well as the protein in the same dimensions merged both topologies and gro files in the merged.gro file ) but after processed via grompp I&#39;ve recieved warning<br>
<br>WARNING 1 [file gmembed.mdp]:<br>  Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups<br><br><br>if I scip this message by maxwarn oprtins, g_membed remove only 10 lipids ( while &gt; 40 are overlapped with the protein ) and during further g_membed&#39;s md_run I&#39;ve obtained lincs warning and my system is crushed .<br>
<br><br>I&#39;m using berger lipids and that mdp file for the G_membed<br><br>integrator     = md<br>energygrps      = Protein<br>freezegrps     = Protein<br>freezedim      = Y Y Y<br>energygrp_table<br>energygrp_excl = Protein Protein<br>
<br><br><br>emtol        = 1000.0      ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1000.0 kJ/mol/nm<br>emstep      = 0.01      ; Energy step size<br>nsteps        = 50000          ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br>
<br>; Bond parameters<br>constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints <br>constraints    = all-bonds            ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained<br>lincs_iter    = 1                    ; accuracy of LINCS<br>
lincs_order    = 4                    ; also related to accuracy<br>; Neighborsearching<br>ns_type        = grid        ; search neighboring grid cels<br>nstlist        = 5            ; 10 fs<br>rlist        = 1.2        ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>
rcoulomb    = 1.2        ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>rvdw        = 1.2        ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>; Electrostatics<br>coulombtype    = PME        ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics<br>
pme_order    = 4            ; cubic interpolation<br>fourierspacing    = 0.16        ; grid spacing for FFT<br>pbc            = xyz        ; 3-D PBC<br><br><br>Could you tell me where is the problem in my case might be?<br>
<br><br>James<br>