<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 15/06/2012 3:56 PM, delara aghaie wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1339739774.96024.YahooMailNeo@web28705.mail.ir2.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,
        255); font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">Dear
        Gromacs users<br>
        I want to compare some properties of two Interferons via MD
        simulation.<br>
        One comes with pdb ID : 1ITF. (It has 24 Models in single pdb
        file, but each model with single chain.) I did pdb2gmx on this.<br>
        <br>
        The other is with pdb ID of : (1RFB). This has two chanis<br>
        --------------------------------<br>
        DBREF&nbsp; 1RFB A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 119&nbsp; UNP&nbsp;&nbsp;&nbsp; P07353&nbsp;&nbsp; IFNG_BOVIN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;
        142<br>
        DBREF&nbsp; 1RFB B&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 119&nbsp; UNP&nbsp;&nbsp;&nbsp; P07353&nbsp;&nbsp; IFNG_BOVIN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;
        142<br>
        -------------------------------<br>
        <br>
        Now the question: Is it wise to select only chain A and do the
        simulations on it in order to compare with the 1ITF, which has
        one chain?.<br>
        I have read about simulating multiple chains in manual. But I
        think the comparison between a protein with single chain and the
        other with two chains may not be correct. (I want to compare
        gyration radiuses and secondary structures)<br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    The number of chains is not really the issue - you want to compare
    things that are comparable. If 1RFB contains a dimeric structure
    that does the same job as the monomeric 1ITF then they might be
    comparable.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:1339739774.96024.YahooMailNeo@web28705.mail.ir2.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial,
        helvetica, sans-serif;font-size:12pt">&nbsp;I want to know if it is
        common to do MD on selected chain of a dimer?<br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    It happens. Whether it makes scientific sense in your case is
    something you have to address.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>