<font size="4">Dear All,<br><br><br>      In my protein pdb file I have changed some of the amino acid residue names. So accordingly I have changed corresponding residue names in force filed files and kept all the files [ modified and unmodified ] in my current working directory. Those files are <br>
<br>1) atomtypes.atp<br>2) aminoacids.rtp<br>3) ffnonbonded.itp<br>4) ffbonded.itp<br>5) spc.itp<br>6) ions.itp<br><br>now while giving the command <br>pdb2gmx -f prot.pdb -o prot.gro -p toplogy.top <br><br>how can I make use of all these force field files present in my current working directory ?<br>
Thanks in advance.........<br></font><br><br clear="all"><br>-- <br><font size="4"><i style="font-family:times new roman,serif"><b>Tarak Karmakar<br>Molecular Simulation Lab.<br>Chemistry and Physics of Materials Unit<br>
Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research <br>Jakkur P. O. <br>Bangalore - 560 064<br>Karnataka, INDIA<br>Ph. (lab) : +91-80-22082809                           </b></i></font><br>