Dear Sir/Madam<br>This is Nidhi Jatana. I downloaded the lastest version of gromacs i.e. 4.5.5 from the link (<a href="ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.5.5.tar.gz">ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.5.5.tar.gz</a>) and have installed it but whenever I am trying to run any of the programs, its showing me the version to be 4.0.5. For example, I was trying to run the lysozyme tutorial and while running genion i gave in the command:<br>
<br>genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8<br> <br>and getting this as the output (not posted the entire output)<br><br>                         &quot;:-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:<br>
<br>           Glycine aRginine prOline Methionine Alanine Cystine Serine<br><br>                            :-)  VERSION 4.0.5  (-:&quot;<br><br>I have installed it thrice, but the problem persists. Infact, I am getting an error (Fatal error: No such moleculetype NA) while running minimization. And when I saw the user-mailing lists, it shows me that there is some problem with the version. What should I do? Should I install the previous version?<br>
<br>Thanking you<br><br>Regards<br>-- <br>Nidhi Jatana<br>Senior Research Fellow<br>Bioinformatics Center<br>Sri Venkateswara College<br>(University of Delhi)<br>Dhaula Kuan<br>New Delhi-110021.<br><br>