<font size="4">Dear All,<br><br> <br>       I am little unaware of choosing the shape and length of box while simulating protein in water. I saw in one of the GROMACS tutorials [ <a href="http://ringo.ams.sunysb.edu/index.php/MD_Simulation:_Protein_in_Water" target="_blank">http://ringo.ams.sunysb.edu/index.php/MD_Simulation:_Protein_in_Water</a>] in which they have kept the protein at the center of the box and the distance from any atom of the protein to the wall of the box as 1.2 nm. [ r_cut off = 0.8 nm ] . I got the reason for the selection of box length but<u><b> still not clear about the shape of the box. <br>
</b>What is the relation between the shape of the box and the computational cost?<b><br><br></b></u>Any help in this regard would be highly appreciated.<u><b><br></b></u>
Thanks<br><br>Tarak </font><br clear="all"><br>-- <br><font size="4"><i style="font-family:times new roman,serif"><b>Tarak Karmakar<br>Molecular Simulation Lab.<br>Chemistry and Physics of Materials Unit<br>Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research <br>

Jakkur P. O. <br>Bangalore - 560 064<br>Karnataka, INDIA<br>Ph. (lab) : +91-80-22082809                           </b></i></font><br>