Hi,<br><div class="gmail_quote"><br>I tried restraining two residues of my peptide . The restraints were added after dihedrals in the top file. Here&#39;s how the .top file looks :<br><br>[ dihedrals ]<br>;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3<br>

   16     4    18    17     2 <br>   18    16    20    19     2 <br>   25    22    27    26     2 <br>   25    27    22    26     2 <br>   27    25    29    28     2 <br>   27    25    28    29     2 <br>   30    20    32    31     2 <br>

   32    30    34    33     2 <br>   37    34    39    38     2 <br>   39    37    41    40     2 <br>   48    46    50    49     2 <br>   48    50    46    49     2 <br>   50    48    52    51     2 <br>   50    52    48    51     2 <br>

   52    47    50    53     2 <br>   52    50    47    53     2 <br>   54    41    56    55     2 <br><br>[ dihedral_restraints ]<br>; ai   aj    ak    al  type  label  phi  dphi  kfac  power<br>; phi C&#39;(n-1) - N - CA - C&#39;<br>

  16   18     20    30     1      1  -60     0     5      2<br>; psi N - CA - C&#39; - N(n+1)<br>  18   20    30      32     1      1  -30     0     5      2<br>; phi C&#39;(n-1) - N - CA - C&#39;<br>  30   32     34    37     1      1  -90     0     5      2<br>

; psi N - CA - C&#39; - N(n+1)<br>  32    34    37  39  17     1      1  0     0     5      2<br><br><br>I am getting the following error when I used the grompp command :- <br><br>Program grompp, VERSION 4.5.4<br>Source code file: toppush.c, line: 1631<br>

<br>Fatal error:<br>Incorrect number of parameters - found 4, expected 5 or 5 for Dih. Rest..<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>

-------------------------------------------------------<br><br>&quot;You Fill Your Space So Sweet&quot; (F. Apple)<br><br><br><br>Where did I do the mistake , can anybody guide me in this regard ?? , Also I don&#39;t know what should be the value for power and kfac , what I need is that the angles should be restrained to what I mentioned in file. <br>

<br>Regards<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all"><br>-- <br>Bharat<br><br>
</font></span></div><br><br clear="all"><br><br>