<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div><span>Dear Mark</span></div><div><span>Again some questions:</span></div><div><span>------------------------------------------</span></div><div><span>I used -chainsep option to pdb2gmx and generated topology files for two protein chains and also .gro file containing both chains</span></div><div><span>........................................</span></div><div><span>The energy minimization was done successfully and I got average pot. energy=-1.2*10^6</span></div><div><span>Then I started NVT simulation for 200 ps with position restraints on proteins.&nbsp;</span></div><div><span><br></span></div><div><span>1)) having the following line in .mdp file will do position restraints on both chains, considering that each chan has its own .top file????<br></span></div><div>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 -DPOSRES&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; position restrain the protein<br>---------------------------------</div><div>200 ps, NVT simulation finished, but I think there is something wrong here. This is part of my nvt.mdp file:<br></div><div><br></div><div>; Temperature coupling is on<br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = V-rescale&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; modified Berendsen thermostat<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein Non-Protein&nbsp;&nbsp; ; two coupling groups - more accurate<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; time constant, in ps<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 310&nbsp;&nbsp; 310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; reference temperature, one for each group, in K</div><div><br></div><div>As here my protein has two chains, is it necessary to increase the tc-groups??? I mean
 should I use for example&nbsp;</div><div>tc-grps = Protein_chain_A Protein_chain_B SOl NA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (These are the names that are present at the end of topol.top file)</div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Regards</div><div>D.M<br><span></span></div><div><br><span></span></div><div><span></span></div><div><br></div>  <div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt;"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1"></font><br><div><br></div><div><br></div>  <div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt;"> <div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1"><br><br><b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Mark
 Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<br> <b><span style="font-weight:bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight:bold;">Sent:</span></b> Saturday, 16 June 2012, 12:15<br> <b><span style="font-weight:bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] simulating dimer proteins<br> </font> </div> <br><div id="yiv1144174115">
  

    
  
  <div>
    On 16/06/2012 5:31 PM, delara aghaie wrote:
    <blockquote type="cite">
      <div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt;">
        <div><span>Dear Gromacs Users</span></div>
        <div><span><br>
          </span></div>
        <div><span>Running pdb2gmx on a pdb file containing a dimer
            protein, I used option (( chainsep id_or_ter)))</span></div>
        <div><span>This resulted in separated topologies for each chain
            and separated posre files. Also in the .gro file, the
            aminoacides of the second chain started from number 1.
            (Without this option the second chain aminoacides will
            receive numbers in continuation of numbers of first
            chain))....</span></div>
        <div><br>
          <span></span></div>
        <div><span>Now:</span></div>
        <div><span>Can I use these files to continue the simulations or
            again it is necessary to follow the procedure explained in
            multiple chains gromacs???</span></div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    By definition of pdb2gmx function, you now have a topology and a
    coordinate file that matches. That is the minimum requirement for
    grompp to succeed later. grompp doesn't care about some aspects of
    atom numbering - including your observation above.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </div>

</div><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br> </div>
 </div>  </div><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br> </div> </div>  </div></body></html>