<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div>Dear Gromacs users.</div><div>I have simulated a single chain protein in water for 5 ns. Now I want to calculate spatial distribution function. To do this I use command g_spatial. I have read manual for that. I need to have an index group containing the atoms around which the SDF is wanted.</div><div><br></div><div>It is not clear to me, which atoms to use for such an analysis. <br></div><div>It is better to calculate SDF of solvent or protein? which one is more informative?</div><div>any suggestions would be greatly appreciated</div><div><br></div><div>Regards</div><div>D.M</div></div></body></html>