
<DIV>Dear Justinï¼Œ</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>Thank you for your helpï¼I edited a parameter about HPO4 in force field 43a1 by myself as followsï¼š</DIV>


<DIV>[ PO4 ]<BR>&nbsp;[ atoms ]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.924&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp; -1.127&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp; -1.127&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp; -1.127&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp; -0.949&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;[ bonds ]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_13<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_13<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_13<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_27<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_1<BR>&nbsp; [ exclusions ]<BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj<BR>&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4<BR>&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4<BR>&nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4<BR>&nbsp;[ angles ]<BR>;&nbsp;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp; gromos type<BR>&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_28<BR>&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_28<BR>&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_13<BR>&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_28<BR>&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_13<BR>&nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_13<BR>&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_11<BR>&nbsp;[ impropers ]<BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<BR>&nbsp;[ dihedrals ]<BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<BR></DIV>


<DIV>When I use mdrunï¼ŒI found that there are some bonds O2-O3ï¼Œwhyï¼ŸAnd O1ï¼ŒO2ï¼ŒO3 are belong to OMã€‚How to define the dihedralï¼Ÿï¼Ÿ</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>xiaohong</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><includetail>


<DIV><BR></DIV>


<DIV><BR></DIV>


<DIV style="PADDING-BOTTOM: 2px; PADDING-LEFT: 0px; PADDING-RIGHT: 0px; FONT-FAMILY: Arial Narrow; FONT-SIZE: 12px; PADDING-TOP: 2px">------------------&nbsp;åŽŸå§‹é‚®ä»¶&nbsp;------------------</DIV>


<DIV style="PADDING-BOTTOM: 8px; PADDING-LEFT: 8px; PADDING-RIGHT: 8px; BACKGROUND: #efefef; FONT-SIZE: 12px; PADDING-TOP: 8px">


<DIV><B>å‘ä»¶äºº:</B>&nbsp;"Justin Lemkul"&lt;jalemkul@vt.edu&gt;;</DIV>


<DIV><B>å‘é€æ—¶é—´:</B>&nbsp;2012å¹´11æœˆ20æ—¥(æ˜ŸæœŸäºŒ) æ™šä¸Š8:30</DIV>


<DIV><B>æ”¶ä»¶äºº:</B>&nbsp;"Discussion list for GROMACS users"&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;; <WBR></DIV>


<DIV></DIV>


<DIV><B>ä¸»é¢˜:</B>&nbsp;Re: [gmx-users] About HPO4</DIV></DIV>


<DIV><BR></DIV><BR><BR>On 11/20/12 4:03 AM, é—ªè€€æ˜Ÿç©º wrote:<BR>&gt; Hi,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp; HPO4 has dihedral or&nbsp; not??&nbsp;&nbsp;&nbsp; If it has,which one?<BR>&gt;<BR>&gt;<BR><BR>There likely is a dihedral you need to use (since there are 4 atoms in O-P-O-H), <BR>but the second answer depends on which force field you are using.&nbsp; Without <BR>knowing that, no one can say.<BR><BR>-Justin<BR><BR>-- <BR>========================================<BR><BR>Justin A. Lemkul, Ph.D.<BR>Research Scientist<BR>Department of Biochemistry<BR>Virginia Tech<BR>Blacksburg, VA<BR>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR><BR>========================================<BR>-- <BR>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>* Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<BR>* Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>* Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<BR>


<DIV></DIV></includetail></DIV>