<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>Funny, I thought of a large Ribosome system.&nbsp; You can in vacuo already with an i7 or AMD equivalent EM a 600 amino acid system with a 12-15A solvent shell in an hour to three using the CPU alone. Thats from test of Gromacs and a non-eq&#39;d system.&nbsp; so about 1 work day to get through NPT.&nbsp; Thus, I doubt there is much problem even using the whole system for most things if your time frame is a day or two and newer PC .&nbsp;
<div>
<div>&nbsp;</div>

<div>Stephan Watkins</div>

<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Montag, 08. April 2013 um 11:35 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;Juan Antonio Raygoza Garay&quot; &lt;raygozag@psu.edu&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;vvchaban@gmail.com<br/>
<b>Cc:</b>&nbsp;gmx-users@gromacs.org<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;[gmx-users] Re: Simulating a large system</div>

<div name="quoted-content">Sure, it&#39;s basically improving minimization time. if i can focus all my resources in simulating or minimizing a portion of the system while ignoring other parts that are too far away from the selected portion, it can also be possible to run some simulations without the need of a big cluster and sort of obtaining about the same results. This goes to my interest of harnessing small computing systems for doing all these tasks. There are systems like rna molecules where i could get the fine grained structure first and then running the entire molecule to obtain the coarser structure.<br/>
<br/>
As someone says it might not improve time but at least having the ability to run portions only on my small desktop overnight or just leave it there running a lot of this could be accomplished. I do have access to a cluster but having to wait in the queue is time that can be used to getting somewhere, maybe slower but you&#39;re moving.<br/>
<br/>
<br/>
On Apr 8, 2013, at 5:20 AM, Dr. Vitaly Chaban wrote:<br/>
<br/>
&gt; Vitaly Chaban<br/>
<br/>
--<br/>
gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br/>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br/>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br/>
* Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br/>
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div>
</div>
</div>
</div></div></body></html>