<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>You should make a good index file and read the options in g_covar and g_anaeig in the manual and just the command line help.&nbsp; I found the new builds of Gromacs allows indexing after a long trajectory, but did not know this before hand.&nbsp; I had tried it with older versions, a couple years back, but it complained about wrong index groups set...so dont know if it was a fix or somthin else on my side from older to newer versions.
<div>&nbsp;
<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Mittwoch, 08. Mai 2013 um 08:25 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;Tsjerk Wassenaar&quot; &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;&quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;Re: [gmx-users] PCA_RMS fluctuation per residue?</div>

<div name="quoted-content">Hi Rajiv,<br/>
<br/>
Square the values, sum them per residue and take the square root.<br/>
<br/>
Cheers,<br/>
<br/>
Tsjerk<br/>
<br/>
On May 8, 2013 7:24 AM, &quot;&#46972;&#51648;&#48652;&#44036;&#46356;&quot; &lt;rajiv@kaist.ac.kr&gt; wrote:<br/>
<br/>
Dear gmx users,<br/>
<br/>
<br/>
I&#39;ve done covariance matrix for backbone of protein using g_covar command.<br/>
<br/>
<br/>
Also, can able to plot all projections through g_anaeig.<br/>
<br/>
<br/>
However, I could only able to do -rmsf: plot the RMS fluctuation per atom<br/>
of eigenvectors BUT i wants to do them per residue? How can i achieve this?<br/>
<br/>
<br/>
In manual it shows -filt: command filter the trajectory to show only the<br/>
motion along eigenvectors. How i do visualize this kind of motions?<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
Rajiv<br/>
<br/>
--<br/>
gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br/>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br/>
* Please search the archive at<br/>
<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br/>
* Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br/>
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br/>
--<br/>
gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br/>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br/>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br/>
* Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br/>
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div>
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</div></div></body></html>