<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>I was under the impression a vacumn, or even gas/liquid interface becomes uniform molecule wise in such simulations due to scale.&nbsp; Thus, the applied pressure and other corrections necessary to set up the interface on a small scale, such as caclulated force at an imaginary interface for given gas/liquid systems?&nbsp; I wounder though, is it possible to give the pressure corrections a direction (a single wall instead of the entire unit cell)?
<div>&nbsp;
<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Montag, 13. Mai 2013 um 14:16 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;Nawel Mele&quot; &lt;nawel.mele@gmail.com&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;&quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;Re: [gmx-users] air-water-interface</div>

<div name="quoted-content">Thanks a lot for your answer.<br/>
So by increasing the z coordinate after solvated the system we induce<br/>
creation of a empty space above the solvated box.<br/>
After minimisation a few water molecules move above its new empty space<br/>
because their link are not strong enough.<br/>
<br/>
<br/>
2013/5/13 Justin Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br/>
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&gt; On 5/13/13 8:01 AM, Nawel Mele wrote:<br/>
&gt;<br/>
&gt;&gt; So we just compute an interface vacuum-water like the picture in attach in<br/>
&gt;&gt; increase the coordinate value of the z-axis of the box?<br/>
&gt;&gt;<br/>
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&gt; The list does not accept attachments. If you want to post an image or<br/>
&gt; file, provide a public link to access it.<br/>
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&gt; BUt I don&#39;t understand how just like that we creat an empty place and<br/>
&gt;&gt; water<br/>
&gt;&gt; move to this place??<br/>
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&gt;&gt;<br/>
&gt; Seems like intuitive behavior to me. Think about basic physics and<br/>
&gt; thermodynamics.<br/>
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&gt; -Justin<br/>
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&gt;&gt; 2013/5/13 Justin Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br/>
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&gt;&gt;&gt; On 5/13/13 6:10 AM, Nawel Mele wrote:<br/>
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&gt;&gt;&gt; Hi all,<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; I am performing a simulation of protein at air/water interface.<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; For create an air-water interface I just expand the box in the z<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; direction.<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; So,aAfter minimization we can noticed that water molecules moved out of<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; bulk water in the z direction.<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; Why you just need to expand the z-axis for obtain this interface?? I<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; don&#39;t<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; understand the mechanism.<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; You&#39;re not creating an air-water interface by doing this, you&#39;re<br/>
&gt;&gt;&gt; creating<br/>
&gt;&gt;&gt; an vacuum-water interface and your water molecules are evaporating into<br/>
&gt;&gt;&gt; the<br/>
&gt;&gt;&gt; empty space.<br/>
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&gt;&gt;&gt; Justin A. Lemkul, Ph.D.<br/>
&gt;&gt;&gt; Research Scientist<br/>
&gt;&gt;&gt; Department of Biochemistry<br/>
&gt;&gt;&gt; Virginia Tech<br/>
&gt;&gt;&gt; Blacksburg, VA<br/>
&gt;&gt;&gt; jalemkul[at]vt.edu &#124; (540) 231-9080<br/>
&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.bevanlab.bioche" target="_blank">http://www.bevanlab.bioche</a>m.****vt.edu/Pages/Personal/justin&lt;<a href="http://vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://vt.edu/Pages/Personal/justin</a>&gt;<br/>
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&gt;&gt;&gt; * Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br/>
&gt;&gt;&gt; interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
&gt;&gt;&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/****Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/****Support/Mailing_Lists</a>&lt;<a href="http://www.gromacs.org/**Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/**Support/Mailing_Lists</a>&gt;<br/>
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&gt; Justin A. Lemkul, Ph.D.<br/>
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&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br/>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/**mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/**mailman/listinfo/gmx-users</a>&lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br/>
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*Mlle* Mele Nawel<br/>
Master 2 In Silico Drug Design<br/>
University of Paris Diderot/Strasbourg<br/>
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