<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>&nbsp;
<div>
<div>You can also look at profilling on varied web sites, the high end Nvidia run only slightly better than the 2 year old ones, from an individual point not worth the money yet, but if you have the money? as I&#39;ve been browsing.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Also, the sim I did on the cluster was 180-190,000 atoms so the exact same performance the other person had.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Stephan</div>

<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Samstag, 25. Mai 2013 um 15:19 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;James Starlight&quot; &lt;jmsstarlight@gmail.com&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;&quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;Re: Aw: Re: [gmx-users] GPU-based workstation</div>

<div name="quoted-content">Richard,<br/>
<br/>
thanks for suggestion!<br/>
<br/>
Assuming that I&#39;m using 2 high end GeForce&#39;s what performance be better<br/>
<br/>
1) in case of one i7 (4 or 6 nodes ) ?<br/>
<br/>
2) in case of 8 core Xeon like CPU Intel Xeon E5-2650 2.0 GHz / 8core<br/>
<br/>
What properties of MB should take into account primarily for such<br/>
Xenon-based system. Does such MBs support multi-GPU ( I noticed that many<br/>
such MBs lack for PCI)?<br/>
<br/>
James<br/>
<br/>
2013/5/25 Broadbent, Richard &lt;richard.broadbent09@imperial.ac.uk&gt;<br/>
<br/>
&gt; I&#39;ve been running on my Universities GPU nodes these are one E5-xeon<br/>
&gt; (6-cores 12 threads) and have 4 Nvidia 690gtx&#39;s. My system is 93 000 atoms<br/>
&gt; of DMF under NVE. The performance has been a little disappointing<br/>
&gt; ~10ns/day. On my home system using a core i5-2500 and a nvidia 560ti I get<br/>
&gt; 5.4ns/day for the same system. On our HPC system using 32 nodes each with 2<br/>
&gt; quad-core xeon processors I get 30-40ns/day.<br/>
&gt;<br/>
&gt; I think that to achieve reasonable performance the system has to be<br/>
&gt; balanced between CPU&#39;s and GPU&#39;s probably getting 2 high end GPU&#39;s and a<br/>
&gt; top end xeon E5 or core i7 would be a good choice.<br/>
&gt;<br/>
&gt;<br/>
&gt; Richard<br/>
&gt;<br/>
&gt; From: lloyd riggs &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&lt;mailto:lloyd.riggs@gmx.ch&gt;&gt;<br/>
&gt; Reply-To: Discussion users &lt;gmx-users@gromacs.org&lt;mailto:<br/>
&gt; gmx-users@gromacs.org&gt;&gt;<br/>
&gt; Date: Saturday, 25 May 2013 12:02<br/>
&gt; To: Discussion users &lt;gmx-users@gromacs.org&lt;mailto:gmx-users@gromacs.org&gt;&gt;<br/>
&gt; Subject: Aw: Re: [gmx-users] GPU-based workstation<br/>
&gt;<br/>
&gt; More RAM the better, and the best I have seen is 4 GPU work station. I<br/>
&gt; can use/have used 4. The GPU takes 2 slots though, so a 7-8 PCIe board is<br/>
&gt; really 3-4 GPU, except the tyan mentioned (there designed as blades so an 8<br/>
&gt; or 10 slot board really holds 8 or 10 GPU&#39;s). There&#39;s cooling problems<br/>
&gt; though with GPU&#39;s, as on a board there packed, so extra cooling things may<br/>
&gt; help not blow a GPU, but I would look for good ones (ask around), as its a<br/>
&gt; video game market and they go for looks even though its in casing? The<br/>
&gt; external RAM (not onboard GPU RAM) helps if you do a larger sim, but I dont<br/>
&gt; know performance wise, the onboard GPU, the more RAM the marrier...so yes,<br/>
&gt; normal work stations you can get 4 GPU&#39;s for a 300 US&#36; board, but then the<br/>
&gt; price goes way up (3-4000 US&#36; for an 8-10 gpu board). RAM ordered abroad<br/>
&gt; is also cheep, 8 or 16 MB Vs. Shop...I have used 4 GPU&#39;s but only on tests<br/>
&gt; software, not Gromacs, so would be nice to see performance...for a small<br/>
&gt; 100 atom molecule and 500 solvent, using just the CPU I get it to run 5-10<br/>
&gt; minutes real for 1 ns sim, but tried simple large 800 amino, 25,000<br/>
&gt; solvent eq (NVT or NPT) runs and they clock at around 1 hour real for say<br/>
&gt; 50 ps eq&#39;s....<br/>
&gt;<br/>
&gt; Stephan<br/>
&gt;<br/>
&gt; Gesendet: Samstag, 25. Mai 2013 um 07:54 Uhr<br/>
&gt; Von: &quot;James Starlight&quot; &lt;jmsstarlight@gmail.com&lt;mailto:<br/>
&gt; jmsstarlight@gmail.com&gt;&gt;<br/>
&gt; An: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&lt;mailto:<br/>
&gt; gmx-users@gromacs.org&gt;&gt;<br/>
&gt; Betreff: Re: [gmx-users] GPU-based workstation<br/>
&gt; Dear Dr. Watkins!<br/>
&gt;<br/>
&gt; Thank you for the suggestions!<br/>
&gt;<br/>
&gt; In the local shops I&#39;ve found only Core i7 with 6 cores (like Core<br/>
&gt; i7-39xx) and 4 cores. Should I obtain much better performance with 6 cores<br/>
&gt; than with 4 cores in case of i7 cpu (assuming that I run simulation in<br/>
&gt; cpu+gpu mode )?<br/>
&gt;<br/>
&gt; Also you&#39;ve mentioned about 4 PCeI MD. Does it means that modern<br/>
&gt; work-station could have 4 GPU&#39;s in one home-like desktop ? According to my<br/>
&gt; current task I suppose that 2 GPU&#39;s would be suitable for my simulations<br/>
&gt; (assuming that I use typical ASUS MB and 650 Watt power unit). Have<br/>
&gt; someone tried to use several GPU&#39;s on one workstation ? What attributes of<br/>
&gt; MB should be taken into account for best performance on such multi-gpu<br/>
&gt; station ?<br/>
&gt;<br/>
&gt; James<br/>
&gt;<br/>
&gt; 2013/5/25 lloyd riggs &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&lt;mailto:lloyd.riggs@gmx.ch&gt;&gt;<br/>
&gt;<br/>
&gt; &gt; There&#39;s also these, but 1 chip runs 6K US, they can get performance up to<br/>
&gt; &gt; 2.3 teraflops per chip though double percission...but have no clue about<br/>
&gt; &gt; integration with GPU&#39;s...Intell also sells their chips on PCIe<br/>
&gt; cards...but<br/>
&gt; &gt; get only about 350 Gflops, and run 1K US&#36;.<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt; <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Field-programmable_gate_array" target="_blank">http://en.wikipedia.org/wiki/Field-programmable_gate_array</a> and vendor<br/>
&gt; &gt; <a href="http://www.xilinx.com/" target="_blank">http://www.xilinx.com/</a><br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt; They can design them though to fit a PCIe slot and run about the same,<br/>
&gt; but<br/>
&gt; &gt; still need the board, ram etc...<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt; Mostly just to dream about, they say you can order them with radiation<br/>
&gt; &gt; shielding as well...so...<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt; Stephan Watkins<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt; *Gesendet:* Freitag, 24. Mai 2013 um 13:17 Uhr<br/>
&gt; &gt; *Von:* &quot;James Starlight&quot; &lt;jmsstarlight@gmail.com&lt;mailto:<br/>
&gt; jmsstarlight@gmail.com&gt;&gt;<br/>
&gt; &gt; *An:* &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&lt;mailto:<br/>
&gt; gmx-users@gromacs.org&gt;&gt;<br/>
&gt; &gt; *Betreff:* [gmx-users] GPU-based workstation<br/>
&gt; &gt; Dear Gromacs Users!<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt; I&#39;d like to build new workstation for performing simulation on GPU with<br/>
&gt; &gt; Gromacs 4.6 native cuda support.<br/>
&gt; &gt; Recently I&#39;ve used such setup with Core i5 cpu and nvidia 670 GTX video<br/>
&gt; &gt; and obtain good performance ( ~ 20 ns&#92;day for typical 60.000 atom system<br/>
&gt; &gt; with SD integrator)<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt; Now I&#39;d like to build multi-gpu wokstation.<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt; My question - How much GPU would give me best performance on the typical<br/>
&gt; &gt; home-like workstation. What algorithm of Ncidia GPU integration should I<br/>
&gt; &gt; use (e.g SLI etc) ?<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt; Thanks for help,<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt;<br/>
&gt; &gt; James<br/>
&gt; &gt; --<br/>
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