<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>
<div>More RAM the better, and the best I have seen is 4 GPU work station.&nbsp; I can use/have used 4.&nbsp; The GPU takes 2 slots though, so a 7-8 PCIe board is really 3-4 GPU, except the tyan mentioned (there designed as blades so an 8 or 10 slot board really holds 8 or 10 GPU&#39;s).&nbsp; There&#39;s cooling problems though with GPU&#39;s, as on a board there packed, so extra cooling things may help not blow a GPU, but I would look for good ones (ask around), as its a video game market and they go for looks even though its in casing?&nbsp; The external RAM (not onboard GPU RAM) helps if you do a larger sim, but I dont know performance wise, the onboard GPU, the more RAM the marrier...so yes, normal work stations you can get 4 GPU&#39;s for a 300 US&#36; board, but then the price goes way up (3-4000 US&#36; for an 8-10 gpu board).&nbsp; RAM ordered abroad is also cheep, 8 or 16 MB Vs. Shop...I have used 4 GPU&#39;s but only on tests software, not Gromacs, so would be nice to see performance...for a small 100 atom molecule and 500 solvent, using just the CPU I get it to run 5-10 minutes real&nbsp; for 1 ns sim, but tried simple large 800 amino, 25,000 solvent eq (NVT or NPT) runs and they clock at around 1 hour real for say 50 ps eq&#39;s....</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Stephan</div>

<div>&nbsp;
<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Samstag, 25. Mai 2013 um 07:54 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;James Starlight&quot; &lt;jmsstarlight@gmail.com&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;&quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;Re: [gmx-users] GPU-based workstation</div>

<div name="quoted-content">Dear Dr. Watkins!<br/>
<br/>
Thank you for the suggestions!<br/>
<br/>
In the local shops I&#39;ve found only Core i7 with 6 cores (like Core<br/>
i7-39xx) and 4 cores. Should I obtain much better performance with 6 cores<br/>
than with 4 cores in case of i7 cpu (assuming that I run simulation in<br/>
cpu+gpu mode )?<br/>
<br/>
Also you&#39;ve mentioned about 4 PCeI MD. Does it means that modern<br/>
work-station could have 4 GPU&#39;s in one home-like desktop ? According to my<br/>
current task I suppose that 2 GPU&#39;s would be suitable for my simulations<br/>
(assuming that I use typical ASUS MB and 650 Watt power unit). Have<br/>
someone tried to use several GPU&#39;s on one workstation ? What attributes of<br/>
MB should be taken into account for best performance on such multi-gpu<br/>
station ?<br/>
<br/>
James<br/>
<br/>
2013/5/25 lloyd riggs &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&gt;<br/>
<br/>
&gt; There&#39;s also these, but 1 chip runs 6K US, they can get performance up to<br/>
&gt; 2.3 teraflops per chip though double percission...but have no clue about<br/>
&gt; integration with GPU&#39;s...Intell also sells their chips on PCIe cards...but<br/>
&gt; get only about 350 Gflops, and run 1K US&#36;.<br/>
&gt;<br/>
&gt; <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Field-programmable_gate_array" target="_blank">http://en.wikipedia.org/wiki/Field-programmable_gate_array</a> and vendor<br/>
&gt; <a href="http://www.xilinx.com/" target="_blank">http://www.xilinx.com/</a><br/>
&gt;<br/>
&gt; They can design them though to fit a PCIe slot and run about the same, but<br/>
&gt; still need the board, ram etc...<br/>
&gt;<br/>
&gt; Mostly just to dream about, they say you can order them with radiation<br/>
&gt; shielding as well...so...<br/>
&gt;<br/>
&gt; Stephan Watkins<br/>
&gt;<br/>
&gt; *Gesendet:* Freitag, 24. Mai 2013 um 13:17 Uhr<br/>
&gt; *Von:* &quot;James Starlight&quot; &lt;jmsstarlight@gmail.com&gt;<br/>
&gt; *An:* &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
&gt; *Betreff:* [gmx-users] GPU-based workstation<br/>
&gt; Dear Gromacs Users!<br/>
&gt;<br/>
&gt;<br/>
&gt; I&#39;d like to build new workstation for performing simulation on GPU with<br/>
&gt; Gromacs 4.6 native cuda support.<br/>
&gt; Recently I&#39;ve used such setup with Core i5 cpu and nvidia 670 GTX video<br/>
&gt; and obtain good performance ( ~ 20 ns&#92;day for typical 60.000 atom system<br/>
&gt; with SD integrator)<br/>
&gt;<br/>
&gt;<br/>
&gt; Now I&#39;d like to build multi-gpu wokstation.<br/>
&gt;<br/>
&gt; My question - How much GPU would give me best performance on the typical<br/>
&gt; home-like workstation. What algorithm of Ncidia GPU integration should I<br/>
&gt; use (e.g SLI etc) ?<br/>
&gt;<br/>
&gt;<br/>
&gt; Thanks for help,<br/>
&gt;<br/>
&gt;<br/>
&gt; James<br/>
&gt; --<br/>
&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br/>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br/>
&gt; * Please search the archive at<br/>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br/>
&gt; * Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br/>
&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br/>
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* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br/>
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