<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>
<div>Dear Jiom,</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Look at justines tutorial, there&#39;s example pull .mdp.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Stephan Watkins</div>

<div>&nbsp;
<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Donnerstag, 30. Mai 2013 um 14:44 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;gromacs query&quot; &lt;gromacsquery@gmail.com&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;&quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;[gmx-users] umbrella sampling for two polymer interaction</div>

<div name="quoted-content">Dear All,<br/>
<br/>
I want to do Umbrella sampling between two different polymers (A and B)<br/>
interacting with each other with starting configuration separated by some<br/>
distance and I am trying to bring them closer.<br/>
<br/>
I have some queries regarding pull inputs: (this is for to run a umbrella<br/>
sampling at some distance)<br/>
<br/>
pull = umbrella<br/>
pull_geometry = distance<br/>
pull_dim = Y Y Y<br/>
pull_start = ???<br/>
pull_ngroups = 2?<br/>
pull_group0 = polymer_B<br/>
pull_group1 = polymer_A<br/>
pull_init1 = 0<br/>
pull_rate1 = 0.0<br/>
<br/>
<br/>
please suggest for following:<br/>
<br/>
1) pull_dim I have set to Y Y Y: Is this correct I do not want to make<br/>
it interact with some directional vector<br/>
<br/>
2) Which should be group0 or group1, in other words should I pull both<br/>
together or how I should decide which one should be reference and<br/>
which to be pulled as both are different polymers?<br/>
<br/>
3) And also what should be pull_ngroups because if there is no<br/>
reference group then it should be 2<br/>
<br/>
4) I am not able to understand pull_start option with pull_init1. In<br/>
this case if it is set to yes and 0.0 respectively then does that mean<br/>
this combination is equivalent to pull_start = No if I just assume<br/>
pull_init1 does not have any default value (which is 0.0); not<br/>
existing<br/>
<br/>
5) Also finally where are upper and lower bounds defined. pull_k1 =<br/>
1000 is harmonic applied to some equilibrium distance value. How this<br/>
distance is taken by the programme (or it is just the starting<br/>
distance taken between two groups) and what are the +/- values<br/>
defined. (say in AMBER I define r1,r2,r3,r4; where r2=r3 which is<br/>
assumed equilibrium value and r1 is lower and r4 is upper value which<br/>
defines shape of potential)<br/>
<br/>
<br/>
thanks,<br/>
<br/>
Jiom<br/>
--<br/>
gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br/>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br/>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br/>
* Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br/>
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div>
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</div></div></body></html>