<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>&nbsp;
<div>
<div>I thought about this reguaring solvation energy.&nbsp; If you use a good water model, and make a secoundary index for solvent (ie Solvent2 atoms x-xn), the normal Gromacs energy extraction would allow you to just extract all energy between protein and solvent2.&nbsp; I assume you could do some extreemly accurate solvation energy calculations this way, but the guassians for say 10-20 parallel runs of the same system would be much greater than say a protein-protein interaction.&nbsp; I am sure solvent models would have to be good as well, but may allow you to do what you wished, however I would make sure through others first, and I do not know what you wished to do completly.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Stephan Watkins</div>

<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Montag, 15. Juli 2013 um 19:25 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;lloyd riggs&quot; &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;&quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;Aw: Re: [gmx-users] How to calculate enthalpy</div>

<div name="quoted-content">
<div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;">
<div>Whats the energy of each waters hydrogen bonding strength respective of each one...as they vary by a couple kcal/mol according to the new IUPAC standard deffinition of hydrogen bonds (2011)?&nbsp; And the energy of the internal structural hydrogen bonds that were disrupted?&nbsp; Assuming no acidic enviornment where electrons are involved...means of coarse...
<div>&nbsp;
<div style="margin: 10.0px 5.0px 5.0px 10.0px;padding: 10.0px 0 10.0px 10.0px;border-left: 2.0px solid rgb(195,217,229);">
<div style="margin: 0 0 10.0px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Montag, 15. Juli 2013 um 10:34 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;pooja_gupta@nccs.res.in<br/>
<b>An:</b>&nbsp;vvchaban@gmail.com, &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;Re: [gmx-users] How to calculate enthalpy</div>

<div>Thanks Vitaly<br/>
<br/>
but how??<br/>
<br/>
let&#39;s say the difference between unfolded to folded protein is 100 water<br/>
molecules. What is the correct procedure to calculate (theoretically) the<br/>
entrapy correspond to single water molecule for stabilizing/destabilizing<br/>
the protein.<br/>
<br/>
help me<br/>
<br/>
&gt; Sure, you can.<br/>
&gt;<br/>
&gt;<br/>
&gt;<br/>
&gt; Dr. Vitaly V. Chaban<br/>
&gt;<br/>
&gt;<br/>
&gt; On Mon, Jul 15, 2013 at 8:38 AM, &lt;pooja_gupta@nccs.res.in&gt; wrote:<br/>
&gt;<br/>
&gt;&gt; Hi<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt; I want calculate the enthalpy of water molecule corresponding to protein<br/>
&gt;&gt; folded and unfolded state.<br/>
&gt;&gt; How much a single water molecule (enthalpy and free energy) contribute<br/>
&gt;&gt; in<br/>
&gt;&gt; folding ?<br/>
&gt;&gt; Can we calculate enthapy from g_energy?<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt; --<br/>
&gt;&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br/>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br/>
&gt;&gt; * Please search the archive at<br/>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br/>
&gt;&gt; * Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br/>
&gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
&gt;&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt; --<br/>
&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br/>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br/>
&gt; * Please search the archive at<br/>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br/>
&gt; * Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br/>
&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br/>
&gt;<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
--<br/>
gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br/>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br/>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br/>
* Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br/>
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></body></html>