<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>
<div>Trying to help I would say I am trying to remember some things I did some time ago.&nbsp; That said, your missing the time column as your first input.&nbsp; You are making a 2D energy plot is what your telling it to do, you can also tell it not to expect a time which would be correct for your case, however this is a landscape your generating.&nbsp; It is already a total energy landscape in 1 nm by 2 nm 2D volumn, what your doing is trying to use the boltzman inversion equation in the g_sham to break it down into gibbs, enth and entro as .xpm plots.&nbsp; Your bins are the &quot;pixels&quot; or points in the landscape I believe, thus the binwidth is the xmin and max, but I amnot 100% sure how the numbering goes. You can check it against the image file generated (look at it with gedit, the pixel portion will tell you).</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>One way to get it to work, would be to supply a free energy single column (or time, then single energy column), however someone might&nbsp; correct me on this (I hope) if I am wrong.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>However your origional question was to look up or coordinate a line graph gibbs energy plot, with a frame in your trajectory.&nbsp; Thus I believe you want to look at a linear plot of your energy change over time.&nbsp; If you generated the eigen vectors already, there are methods in these techniques to look at frames versus energy (total).&nbsp; You can also if you designed your experiment as a pulled/steered free energy experiment, use the g_wham, with no bootstraping or autocorrelation, etc...with one trajectory, and it is a sham.&nbsp; Otherwise, your using the wrong things to get what you want (g_ scripts in gromacs), and need to read the manual again.&nbsp; You can, with an index for only what you want, extract total energy and plot it as well versus frame, which might give you what you want also...using just g_energy.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>I hope that helps,</div>

<div>
<div>&nbsp;</div>

<div>Stephan Watkins</div>

<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Donnerstag, 19. Dezember 2013 um 00:09 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;jkrieger@mrc-lmb.cam.ac.uk<br/>
<b>An:</b>&nbsp;&quot;gmx-users@gromacs.org&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;Re: [gmx-users] Bin files of g_sham</div>

<div name="quoted-content">You&#39;re not asking it to read the bin index file in your command. Maybe that explains what you&#39;re seeing?<br/>
<br/>
On 18 Dec 2013, at 13:51, Ankita Naithani &lt;ankitanaithani@gmail.com&gt; wrote:<br/>
<br/>
&gt; Hi Lloyd,<br/>
&gt;<br/>
&gt; So, my input to g_sham is a file with following lines:<br/>
&gt;<br/>
&gt; @ title &quot;2D projection of trajectory&quot;<br/>
&gt; @ xaxis label &quot;projection on eigenvector 1 (nm)&quot;<br/>
&gt; @ yaxis label &quot;projection on eigenvector 2 (nm)&quot;<br/>
&gt; @TYPE xy<br/>
&gt; 0.16750 0.18278<br/>
&gt; -0.01448 -0.14834<br/>
&gt; -0.32757 0.22259<br/>
&gt; -0.33832 0.63817<br/>
&gt;<br/>
&gt; This file is named AM_12.xvg<br/>
&gt;<br/>
&gt; and my command line is g_sham -f AM_12.xvg -ls AM_FEL_12.xpm<br/>
&gt;<br/>
&gt; My bin index file has the following lines:<br/>
&gt;<br/>
&gt; [ 18 ]<br/>
&gt; 7105<br/>
&gt; [ 19 ]<br/>
&gt; 7104<br/>
&gt; [ 46 ]<br/>
&gt; 7124<br/>
&gt; [ 48 ]<br/>
&gt; 7123<br/>
&gt; [ 49 ]<br/>
&gt; 7106<br/>
&gt; [ 50 ]<br/>
&gt; 6497<br/>
&gt; 6498<br/>
&gt; [ 51 ]<br/>
&gt; 6499<br/>
&gt; 6500<br/>
&gt; [ 52 ]<br/>
&gt; 6496<br/>
&gt; 7103<br/>
&gt; [ 53 ]<br/>
&gt; 7102<br/>
&gt; [ 55 ]<br/>
&gt; 6672<br/>
&gt; [ 75 ]<br/>
&gt; 5745<br/>
&gt; 5749<br/>
&gt; and so on.<br/>
&gt;<br/>
&gt; I am not sure how can I look at the default binwidth.<br/>
&gt;<br/>
&gt; Kind regards,<br/>
&gt;<br/>
&gt; Ankita<br/>
&gt;<br/>
&gt;<br/>
&gt; On Tue, Dec 17, 2013 at 6:03 PM, lloyd riggs &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&gt; wrote:<br/>
&gt;<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt; You need to explain what you are doing better, what you want to do, and<br/>
&gt;&gt; show your input (command line, .xvg lines of input and output as example)<br/>
&gt;&gt; and you might get more help on here. If you read the -h from g_sham, it is<br/>
&gt;&gt; making a single plot from your input, and in this case your .xpm would be a<br/>
&gt;&gt; matrix with bins on a 2D surface with points taken across the entire run,<br/>
&gt;&gt; as an example of what I mean. I believe you can also use a single line<br/>
&gt;&gt; (time, energy as column 2), and get a single line out as well, with a<br/>
&gt;&gt; meaningless &quot;landscape&quot; still put out as .xpm, etc...look at your binwidth<br/>
&gt;&gt; default, input and what you want out is all I could say at this point. You<br/>
&gt;&gt; might be trying to do something else however...<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt; Stephan<br/>
&gt;&gt; *Gesendet:* Dienstag, 17. Dezember 2013 um 08:38 Uhr<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt; *Von:* &quot;Ankita Naithani&quot; &lt;ankitanaithani@gmail.com&gt;<br/>
&gt;&gt; *An:* &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
&gt;&gt; *Betreff:* Re: [gmx-users] Bin files of g_sham<br/>
&gt;&gt; I would like to add that maybe the bins store Frame numbers. Because I seem<br/>
&gt;&gt; to have around 21000 frames and I guess I am unable to see a number higher<br/>
&gt;&gt; than that. Apologies for the confusion about earlier number. So, in this<br/>
&gt;&gt; case if I want a confirmation at a particular frame number, how should I go<br/>
&gt;&gt; about that? Could you please help me with that?<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt; Kind regards,<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt; Ankita<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt; On Tue, Dec 17, 2013 at 7:20 AM, Ankita Naithani<br/>
&gt;&gt; &lt;ankitanaithani@gmail.com&gt;wrote:<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt; Hi Llyod,<br/>
&gt;&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt; Thank you for your reply. I actually wanted to extract frames<br/>
&gt;&gt;&gt; corresponding to the g_sham output. The input for g_sham in my case was<br/>
&gt;&gt;&gt; column 1 had time points, column 2 and column 3 had Principal component 1<br/>
&gt;&gt;&gt; and Principal component 2 respectively. So, the binning which has been<br/>
&gt;&gt;&gt; done, i.e. if I say that the bin number 786 has the following few numbers<br/>
&gt;&gt;&gt; like : 3876, 9870, 22002 etc. These should technically correspond to the<br/>
&gt;&gt;&gt; time points right which I can then dump using trjconv too maybe.<br/>
&gt;&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt; Also, I am a little confused because if the bins have all the time<br/>
&gt;&gt; points,<br/>
&gt;&gt;&gt; I don&#39;t seem to find the time points uptil the end of simulation in that<br/>
&gt;&gt;&gt; case i.e. I am unable to see higher time scale. My simulation was for<br/>
&gt;&gt; 48ns<br/>
&gt;&gt;&gt; and had 3fs time step. I am unable to trace anything beyond 22000 or<br/>
&gt;&gt; 23000<br/>
&gt;&gt;&gt; number in my bins.<br/>
&gt;&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt; I hope you could help me solve this confusion.<br/>
&gt;&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt; Kind regards,<br/>
&gt;&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt; Ankita<br/>
&gt;&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt; On Sun, Dec 15, 2013 at 11:17 PM, lloyd riggs &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&gt;<br/>
&gt;&gt; wrote:<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; I will attempt an answer, however there might be a better response. It<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; depends on your input .xvg (what the first column is) and what you are<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; telling it to do (defualt is time), and if these correspond to your time<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; frames (can be timepoint or siply frame # I believe). g_sham seems (to<br/>
&gt;&gt; me)<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; to work like a comand line spread sheet manipulator with some built in<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; functions. If you want a particular frame from a trajectory time point,<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; then use g_traj with the first/last set to the frame you want but<br/>
&gt;&gt; there&#39;s<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; also 2 other tools that do this the same way...<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; Stephan Watkins<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; *Gesendet:* Sonntag, 15. Dezember 2013 um 14:49 Uhr<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; *Von:* &quot;Ankita Naithani&quot; &lt;ankitanaithani@gmail.com&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; *An:* &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; *Betreff:* [gmx-users] Bin files of g_sham<br/>
&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; Hi,<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; I had a query regarding the bin files generated by g_sham.<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; Does the bin index contain timepoints? i.e. there are 1024 bins so each<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; bin<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; has a number of time points? And supposes bin 756 has numbers like 3876,<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; 20020, 7896 so these would all correspond to time and we could then dump<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; the representative frame corresponding to these time points?<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; I am a little confused as to what is stored in the bins? Timepoints or<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; frame number and then alternatively how to get the representative<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; frame/snapshot stored at that specific bin number.<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; Kind regards,<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; --<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; Ankita Naithani<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; --<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; Gromacs Users mailing list<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; * Please search the archive at<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; posting!<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; * For (un)subscribe requests visit<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; --<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; Gromacs Users mailing list<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; posting!<br/>
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&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or<br/>
&gt;&gt;&gt;&gt; send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
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&gt;&gt;&gt; Ankita Naithani<br/>
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&gt;&gt; * Please search the archive at<br/>
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&gt;&gt; * For (un)subscribe requests visit<br/>
&gt;&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or<br/>
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&gt; Ankita Naithani<br/>
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&gt; Gromacs Users mailing list<br/>
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&gt; * Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br/>
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&gt; * For (un)subscribe requests visit<br/>
&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.<br/>
--<br/>
Gromacs Users mailing list<br/>
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* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br/>
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* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br/>
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* For (un)subscribe requests visit<br/>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.</div>
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