<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>
<div>Suggestions,</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>You can look at your plots from g_sham in an editor, and simply cut/past then add the matricies portion in something like qtiplot/Scidavis, or you need to back track and use covarience in the gromacs auxillary scripts (g_covar/aneig, etc...) and track down some matrix scripts to do the same thing.&nbsp; This later allows 2 single column PC&#39;s from your output files to be used to generate 2D plots with your dfined boundries, if you find the right one&#39;s (scripts), which are easier to manipulate than .xpm files.&nbsp; I found several dozen matrix manipulation scripts written in everything from C++ to perl and python...</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Stephan Watkins</div>

<div>&nbsp;
<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Montag, 20. Januar 2014 um 10:48 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;pratibha kapoor&quot; &lt;kapoorpratibha7@gmail.com&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;gmx-users@gromacs.org<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;[gmx-users] pca</div>

<div name="quoted-content">Dear all gmx-users<br/>
<br/>
I have done pca at three different temperatures and would like to draw<br/>
combined 2D free energy landscape (pc1 versus pc2) and 3D free energy<br/>
landscape (pc1, pc2, and energy).<br/>
I have used g_sham and created three different 2D plots. My question is how<br/>
to combine these three plots in order to get all information from three<br/>
temperatures in one plot? Also please guide me in creation of 3D plots.<br/>
<br/>
Thanks.<br/>
--<br/>
Gromacs Users mailing list<br/>
<br/>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br/>
<br/>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br/>
<br/>
* For (un)subscribe requests visit<br/>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.</div>
</div>
</div>
</div></div></body></html>