<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>never mind just found it in your input pdb sorry.&nbsp; Is it at the end?
<div>&nbsp;
<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Samstag, 07. Juni 2014 um 16:32 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;Vedat Durmaz&quot; &lt;durmaz@zib.de&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;&quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;[gmx-users] specbond identified by pdb2gmx but not added to topology</div>

<div name="quoted-content">dear gmx users/team,<br/>
<br/>
i&#39;ve defined some simple residues (5 monomeric units) in aminoacids.rtp,<br/>
residues.dat and aminoacids.hdb that i want to use for the modelling of<br/>
small polymers. the polymer may be highly bifurcated due to a branching<br/>
T piece among the monomer units.<br/>
<br/>
all possible intermolecular connections (about 20) between the units are<br/>
defined in the specbonds file according to the following pattern:<br/>
<br/>
------------------------------------------------<br/>
...<br/>
XYB CG2 1 XYX O 1 0.16 XYB XYX<br/>
...<br/>
------------------------------------------------<br/>
<br/>
there is no need for new atom types or changes in ffbonded/ffnonbonded<br/>
since all atoms and the resulting bonds also occur in typical amino<br/>
acids. however, when starting pdb2gmx<br/>
<br/>
pdb2gmx -ff amber99sb -f input.pdb -o polymer.pdb -p polymer.top -ignh<br/>
-water none<br/>
<br/>
with 12 residues/units (and several bifurcations) requiring 11<br/>
additional intermolecular bonds to be read from the specbond file, i get<br/>
a nice resulting topology containing all desired bonds except for one<br/>
lone 0.143nm bond between atom CG2 (amber type CT) of residue 3 (&quot;XYB&quot;)<br/>
and atom O (amber type OS) of residue 7 (&quot;XYX&quot;). curiously, this missing<br/>
bond is listed in the distance matrix output of pdb2gmxt related to<br/>
specbond:<br/>
<br/>
------------------------------------------------<br/>
...<br/>
29 out of 29 lines of specbond.dat converted successfully<br/>
Special Atom Distance matrix:<br/>
<br/>
XYL1 XYX2 XYX2 XYX2 XYB3 XYB3 XYB3<br/>
CG25 O6 OG19 CG210 O11 OG114 CG215<br/>
...<br/>
XYX7 O31 0.714 0.635 0.487 0.293 0.483 0.303<br/>
-&gt;0.143&lt;- here it is<br/>
...<br/>
...<br/>
------------------------------------------------<br/>
<br/>
but when it comes to the linking stage a little further in the output,<br/>
this bond is neglected whereas the other ten bonds are set as desired:<br/>
<br/>
------------------------------------------------<br/>
...<br/>
Linking XYL-1 CG2-5 and XYX-2 O-6...<br/>
Linking XYX-2 OG1-9 and XYX-4 CG2-20...<br/>
Linking XYX-2 CG2-10 and XYB-3 OG1-14...<br/>
Linking XYX-4 O-16 and XYL-5 CG2-25...<br/>
Linking XYX-4 OG1-19 and XYL-6 CG2-30...<br/>
Linking XYX-7 OG1-34 and XYX-8 CG2-40...<br/>
Linking XYX-7 CG2-35 and XYR-12 O-56...<br/>
Linking XYX-8 O-36 and XYL-9 CG2-45...<br/>
Linking XYX-8 OG1-39 and XYB-10 CG2-50...<br/>
Linking XYB-10 OG1-49 and XYL-11 CG2-55...<br/>
...<br/>
------------------------------------------------<br/>
<br/>
does anyone have some hint or an idea of what might be suppressing the<br/>
linking of that bond? i&#39;ve tried it with gromacs 4.5 as well as 4.6<br/>
without any difference in the output.<br/>
<br/>
<br/>
thanks in advance and a good weekend,<br/>
<br/>
vedat<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
--<br/>
Gromacs Users mailing list<br/>
<br/>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br/>
<br/>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br/>
<br/>
* For (un)subscribe requests visit<br/>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.</div>
</div>
</div>
</div></div></body></html>