<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>
<div>Its probably a single atom name typo unless its the end residue ( I know from experience after 45 minuts or more, typos become extreemly difficult to spot for pshchological reasons), but you would need to show the in file (pdb) and probably the top for a spot check.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Stephan</div>

<div>&nbsp;
<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Samstag, 07. Juni 2014 um 16:32 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;Vedat Durmaz&quot; &lt;durmaz@zib.de&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;&quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;[gmx-users] specbond identified by pdb2gmx but not added to topology</div>

<div name="quoted-content">dear gmx users/team,<br/>
<br/>
i&#39;ve defined some simple residues (5 monomeric units) in aminoacids.rtp,<br/>
residues.dat and aminoacids.hdb that i want to use for the modelling of<br/>
small polymers. the polymer may be highly bifurcated due to a branching<br/>
T piece among the monomer units.<br/>
<br/>
all possible intermolecular connections (about 20) between the units are<br/>
defined in the specbonds file according to the following pattern:<br/>
<br/>
------------------------------------------------<br/>
...<br/>
XYB CG2 1 XYX O 1 0.16 XYB XYX<br/>
...<br/>
------------------------------------------------<br/>
<br/>
there is no need for new atom types or changes in ffbonded/ffnonbonded<br/>
since all atoms and the resulting bonds also occur in typical amino<br/>
acids. however, when starting pdb2gmx<br/>
<br/>
pdb2gmx -ff amber99sb -f input.pdb -o polymer.pdb -p polymer.top -ignh<br/>
-water none<br/>
<br/>
with 12 residues/units (and several bifurcations) requiring 11<br/>
additional intermolecular bonds to be read from the specbond file, i get<br/>
a nice resulting topology containing all desired bonds except for one<br/>
lone 0.143nm bond between atom CG2 (amber type CT) of residue 3 (&quot;XYB&quot;)<br/>
and atom O (amber type OS) of residue 7 (&quot;XYX&quot;). curiously, this missing<br/>
bond is listed in the distance matrix output of pdb2gmxt related to<br/>
specbond:<br/>
<br/>
------------------------------------------------<br/>
...<br/>
29 out of 29 lines of specbond.dat converted successfully<br/>
Special Atom Distance matrix:<br/>
<br/>
XYL1 XYX2 XYX2 XYX2 XYB3 XYB3 XYB3<br/>
CG25 O6 OG19 CG210 O11 OG114 CG215<br/>
...<br/>
XYX7 O31 0.714 0.635 0.487 0.293 0.483 0.303<br/>
-&gt;0.143&lt;- here it is<br/>
...<br/>
...<br/>
------------------------------------------------<br/>
<br/>
but when it comes to the linking stage a little further in the output,<br/>
this bond is neglected whereas the other ten bonds are set as desired:<br/>
<br/>
------------------------------------------------<br/>
...<br/>
Linking XYL-1 CG2-5 and XYX-2 O-6...<br/>
Linking XYX-2 OG1-9 and XYX-4 CG2-20...<br/>
Linking XYX-2 CG2-10 and XYB-3 OG1-14...<br/>
Linking XYX-4 O-16 and XYL-5 CG2-25...<br/>
Linking XYX-4 OG1-19 and XYL-6 CG2-30...<br/>
Linking XYX-7 OG1-34 and XYX-8 CG2-40...<br/>
Linking XYX-7 CG2-35 and XYR-12 O-56...<br/>
Linking XYX-8 O-36 and XYL-9 CG2-45...<br/>
Linking XYX-8 OG1-39 and XYB-10 CG2-50...<br/>
Linking XYB-10 OG1-49 and XYL-11 CG2-55...<br/>
...<br/>
------------------------------------------------<br/>
<br/>
does anyone have some hint or an idea of what might be suppressing the<br/>
linking of that bond? i&#39;ve tried it with gromacs 4.5 as well as 4.6<br/>
without any difference in the output.<br/>
<br/>
<br/>
thanks in advance and a good weekend,<br/>
<br/>
vedat<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
<br/>
--<br/>
Gromacs Users mailing list<br/>
<br/>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br/>
<br/>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br/>
<br/>
* For (un)subscribe requests visit<br/>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.</div>
</div>
</div>
</div></div></body></html>