<div style="font:14px/1.5 'Lucida Grande', '微软雅黑';color:#333;"><p style="font:14px/1.5 'Lucida Grande';margin:0;"><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">Dear all,</span><br style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;"></p><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;"><br></div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">I want to get a “multiple dihedrals” topology file, but encounter a problem. The following are the details.</div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;"><br></div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">I got the dihedrals parameters of azobenzene (expressed in&nbsp;Ryckaert-Bellemans form) from ‘DOI:<span style="font-family: AdvPTimes; font-size: 8pt;">10.1007/s00214-012-1274-z</span>’ (including cis-, trans-, and mixed).&nbsp;</div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;"><br></div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">And in section ‘4.1.12 Proper dihedrals’ of Manual (v4.6.5), I found that function type 9 could be used for this purpose. It says "<span style="font-size: 11pt; font-family: NimbusRomNo9L;">Type 9 allows multiple potential functions to be applied automatically to a single dihedral in the&nbsp;</span><span style="font-size: 11pt; font-family: NimbusMonL;">[ dihedral ]&nbsp;</span><span style="font-size: 11pt; font-family: NimbusRomNo9L;">section when multiple parameters are defined for the same atomtypes in the</span><span style="font-size: 11pt; font-family: NimbusMonL;">[ dihedraltypes ]</span><font face="NimbusRomNo9L"><span style="font-size: 11pt;">section.</span></font>”, note that the function is expressed in the form of&nbsp;<span style="white-space: pre-wrap;">V_d(phi_ijkl) = k_phi (1 + cos(n*phi - phi_s)), which is different from the R-B form.</span></div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;"><span style="white-space: pre-wrap;"><br></span></div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">Here are my questions:</div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;"><br></div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">(1). Without ‘Type 9’, can I use the R-B parameters to get a multiple dihedrals topology file? (i.e. write both two lines of the cis- and trans- parameters under [ dihedrals ] section)</div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">(2). If not, can I use the mixed R-B parameters without ’Type 9' to achieve the same purpose? (i.e. only write the mixed parameters under [ dihedrals ] section)</div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">(3). If still not, how can I transform the R-B form into the Type 9 function form? (i.e. from C0 - C5 to&nbsp;<span style="white-space: pre-wrap;">k_phi, </span><span style="white-space: pre-wrap;">phi_s)</span></div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;"><br></div><div apple-content-edited="true" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">Thank you for your time!</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;"><br></div><p style="line-height: 1.5; font-family: 'Lucida Grande'; margin: 0px;"><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">What’s more, the following discussions maybe helpful for this question.</span></p><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">-&nbsp;[gmx-users]&nbsp;<a href="https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2009-May/042279.html">constant term in dihedral potential function</a>&nbsp;-&nbsp;May 29 2009</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">-&nbsp;[gmx-users]&nbsp;<a href="https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2012-October/075867.html">Type 9 dihedral in Gromacs topology</a>&nbsp;-&nbsp;Oct 27 2012</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal;">-&nbsp;[gmx-users]&nbsp;<a href="https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2010-August/053298.html">Re: dihedraltypes funct 4 and 9 in gmx 4.5 amber</a>&nbsp;-&nbsp;Aug 19 2010<br><div apple-content-edited="true"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-size: 14px; margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-family: 宋体;"><font color="#444444" size="2"><b><br></b></font></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-size: 14px; margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-family: 宋体;"><font color="#444444" size="2"><b>-</b></font></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-size: 14px; margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-family: 宋体;"><font color="#444444" size="2"><b><br></b></font></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-size: 14px; margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-family: 宋体;"><font color="#444444" size="2"><b>Leo Bian</b></font></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 14px; margin: 0cm 0cm 0.0001pt;"><span style="font-size: 9pt;"><font color="#0085c3" face="宋体"><b>DHU&nbsp;</b></font></span><span style="font-size: 9pt; font-family: 'Trebuchet MS', sans-serif; color: rgb(68, 68, 68);">|&nbsp;</span><font color="#444444" face="宋体"><span style="font-size: 12px;">College of Chemistry, Chemical Engineering &amp; Biotechnology</span></font></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 宋体;"><b><span lang="ZH-CN" style="font-size: 8pt; color: rgb(68, 68, 68);">Office Tel</span></b><span style="font-size: 8pt; font-family: 'Trebuchet MS', sans-serif; color: rgb(68, 68, 68);">&nbsp;+86 21 67792605</span><span style="font-size: 8pt; font-family: 'Trebuchet MS', sans-serif; color: rgb(68, 68, 68);">,&nbsp;</span><b><span lang="ZH-CN" style="font-size: 8pt; color: rgb(68, 68, 68);">fax&nbsp;</span></b><span style="font-size: 8pt; font-family: 'Trebuchet MS', sans-serif; color: rgb(68, 68, 68);">+86 21 67792707<u></u></span></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 宋体;"><b><span lang="ZH-CN" style="font-size: 8pt; color: rgb(89, 89, 89);">Donghua University</span></b><span lang="ZH-CN" style="font-size: 8pt; font-family: 'Trebuchet MS', sans-serif; color: rgb(89, 89, 89);">, NO.2999 North Renmin Rd.,Songjiang district, Shanghai, China</span></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 14px; margin: 0cm 0cm 0.0001pt;"><font color="#444444" face="宋体"><span style="font-size: 12px;">website | For more? Please visit</span></font><span lang="ZH-CN" style="font-size: 8pt; font-family: 'Trebuchet MS', sans-serif; color: rgb(68, 68, 68);">&nbsp;</span><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"><font size="1" style="color: rgb(17, 85, 204);"><a href="http://biansite.com/" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204);">BianSite</a></font></span></div></div></div></div></div>