<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;">Dear all,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;">After the energy minimisation calculation, I plotted the (energy vs time) profile for some structures with the ener.xvg file.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;">However, of all the energy minimised structures I have, one did not work.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;">I have been trying to convert the energy minimised file "ener.edr" to "ener.xvg" using the command: g_energy_mpi -f ener.edr -o ener.xvg</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;">As the same procedure worked for all my other structures, this fatal error read:&nbsp;</p><p style="margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><span style="line-height: 20px;">Program g_energy_mpi, VERSION 5.0</span></p><p style="margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><span style="line-height: 20px;">Source code file: /home/choimin/Gromacs/gromacs-5.0/src/gromacs/fileio/enxio.c, line: 822</span></p><p style="margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><span style="line-height: 20px;"><br></span></p><p style="margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><span style="line-height: 20px;">Fatal error:</span></p><p style="margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><span style="line-height: 20px;">Energy file ener.edr not recognized, maybe different CPU?</span></p><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;">The xvg file was successfully produced for other structures, why did it fail on this particular system?</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;">Regards,</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;">Kester</p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/NjYyMjM5/Z3JvbWFjcy5vcmdfZ214LXVzZXJzQG1haWxsaXN0LnN5cy5rdGguc2U=/' width='1px' height='1px' />