<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">Dear all,&nbsp;</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I think my PBS job script is not appropriate.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I would like to know<span style="font-size: 10pt;">&nbsp;how to optimise my equilibration rate on two nodes?&nbsp;</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">The specs of the cluster I am using is as follows:</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">Linux master.hpc 2.6.18-274.7.1.el5 #1 SMP Thu Oct 20 16:21:01 EDT 2011 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux</span></p><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">The CPU information of my cluster is:</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Intel(R) Xeon(R) &nbsp;CPU X3220 &nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">===== &nbsp;Processor composition &nbsp;=====</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Processors(CPUs) &nbsp;: 4</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Packages(sockets) : 1</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Cores per package : 4</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Threads per core &nbsp;: 1</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">===== &nbsp;Processor identification &nbsp;=====</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Processor &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thread Id. &nbsp; &nbsp; &nbsp;Core Id. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Package Id.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp;&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp;&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp;&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp;&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">===== &nbsp;Placement on packages &nbsp;=====</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Package Id. &nbsp; &nbsp; Core Id. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Processors</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0,2,1,3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0,1,2,3</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">===== &nbsp;Cache sharing &nbsp;=====</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Cache &nbsp; Size &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Processors</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">L1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;32 &nbsp;KB &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;no sharing</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">L2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; MB &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;(0,2)(1,3)</p><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;">My pestat with job ID 29515 (38400 atoms) and 29513 (102576 atoms):</div><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><div style="font-size: 10pt;">&nbsp; node &nbsp; &nbsp;state &nbsp;load &nbsp; &nbsp;pmem ncpu &nbsp; mem &nbsp; resi usrs tasks &nbsp;jobids/users</div><div style="font-size: 10pt;">&nbsp; x001 &nbsp; &nbsp; &nbsp;excl &nbsp; 11.99 &nbsp; 32114 &nbsp;12 &nbsp;35934 &nbsp; &nbsp;833 &nbsp;16/2 &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp;29503 DBS</div><div style="font-size: 10pt;">&nbsp; x002 &nbsp; &nbsp; &nbsp;excl &nbsp; 12.03 &nbsp; 32114 &nbsp;12 &nbsp;35934 &nbsp; 2303 &nbsp;3/2 &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp;29505 HYV</div><div style="font-size: 10pt;">&nbsp; x003 &nbsp; &nbsp; &nbsp;excl &nbsp; 0.00* &nbsp;32114 &nbsp;12 &nbsp;35934 &nbsp; &nbsp;219 &nbsp;0/0 &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp;29515 Kester</div><div style="font-size: 10pt;">&nbsp; x004 &nbsp; &nbsp; &nbsp;excl &nbsp; 11.87 &nbsp; 32114 &nbsp;12 &nbsp;35934 &nbsp; &nbsp;727 &nbsp;16/1 &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp;29506 NJP</div><div style="font-size: 10pt;">&nbsp; x005 &nbsp; &nbsp; &nbsp;excl &nbsp; 0.00* &nbsp;32114 &nbsp;12 &nbsp;35934 &nbsp; &nbsp;188 &nbsp;0/0 &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp;29513 Kester</div><div style="font-size: 10pt;">&nbsp; x006 &nbsp; &nbsp; &nbsp;excl &nbsp; 11.99 &nbsp; 64386 &nbsp;12 &nbsp;68206 &nbsp; 2309 &nbsp;6/2 &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp;29508 HYV</div><div style="font-size: 10pt;">&nbsp; x007 &nbsp; &nbsp; &nbsp;excl &nbsp; 12.00 &nbsp; 64383 &nbsp;12 &nbsp;68203 &nbsp; 1125 &nbsp;8/2 &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp;29418 DBS</div><div style="font-size: 10pt;">&nbsp; x008 &nbsp; &nbsp; &nbsp;excl &nbsp; 0.99* &nbsp;32111 &nbsp;12 &nbsp;35931 &nbsp; &nbsp;479 &nbsp;7/2 &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp;29513 Kester</div><div style="font-size: 10pt;">&nbsp; x009 &nbsp; &nbsp; &nbsp;excl &nbsp; 0.99* &nbsp;32111 &nbsp;12 &nbsp;35931 &nbsp; &nbsp;286 &nbsp;1/1 &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp;29515 Kester</div><div><br></div></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I am concerned about the "load" as pestat shows 0.00* for my jobs running on dual nodes. When running on one node, the load was showing 0.99*, which I think is not running at full capability?</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;"></span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">I am aware that the current installation runs on SSE2, while the log file generated by the NVT run suggested using SSE4.1.</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Also, with regardf to the domain decomposition flag in the PBS run script,<span style="font-size: 10pt;">&nbsp;the effect/performance should be the same </span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">with or without domain decomposition being specified, as the mdrun would guesstimate one for the job?</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">This is the job script that I use:</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#!/bin/bash</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#PBS -l nodes=2:west:ppn=12</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#PBS -l ncpus=24</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#PBS -l walltime=10:00:00</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#PBS -N NVT</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">NPROCS=`wc -l &lt; $PBS_NODEFILE`</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">hostname</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">date</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">gromacs="/usr/local/gromacs/share/gromacs/top/gmx_mpi mdrun -s topol.tpr -cpi state.cpt"</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">cd $PBS_O_WORKDIR</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">cp $PBS_NODEFILE nodefile</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">gmx_mpi mdrun -s topol.tpr -cpi state.cpt</p><div><br></div><div><br></div><div>I have been unable to get help from my research group as I am the only one that uses GROMACS, and I am new to this too.</div><div>Searching on Google and GROMACS mail list brought little help as there are so many different types of PCs.&nbsp;</div><div>Any advice is greatly appreciated, thanks in advance!</div><div><br></div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Kester</div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"></p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/Njg4NDI1/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />