<div>Hello,</div><div>I want to calculate PMF of DNA and lipid bilayer. DNA is 4.5 nm from the center of bilayer at t=0. I use the pull-code to bring closer DNA to the bilayerš .This is my mdp.file:</div><div>š</div><div>pullšššššššššššššššššššš = umbrella<br />pull_geometryššššššššššš = cylinder<br />pull_dimšššššššššššššššš = N N Y<br />pull-r1ššššššššššššššššš = 1.2<br />pull-r0ššššššššššššššššš = 1.7<br />pull_startšššššššššššššš = yes<br />pull_nstxoutšššššššššššš = 500<br />pull_nstfoutšššššššššššš = 500<br />pull_ngroupsšššššššššššš = 1<br />pull_group0ššššššššššššš = POPC<br />pull_group1ššššššššššššš = DNA<br />pull_pbcatom1ššššššššššš = 178<br />pull_vec1ššššššššššššššš = 0.0 0.0 1.0 ;(z-coordinate of DNA&gt;z-coordinate of POPC bilayer)<br />pull_rate1šššššššššššššš = 0.005<br />pull-k1ššššššššššššššššš = 500</div><div>š</div><div>I get the following</div><div>š</div><div>Pull groupš natomsš pbc atomš distance at startšššš reference at t=0<br />šššššš 0šššš 17152ššššš 9334 <br />šššššš 1šššššš 758ššššššššš 178šššššššššššššššššššš 1.249šššššššššššššššš 1.249</div><div>š</div><div>šI don't understand, why this distance at start = 1.249 and reference = 1.249. But when I use pull_geometry = distance, distance at start = 4.5, it is right! I want to use geometry=cylinder,but I think it works wrong. Also pbc atom of group0 remains the same in both case. I don't understand this. Anyone can help me? Thanks!</div><div>š</div><div>Alex</div><div>š</div><div>š</div>