<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">Dear gmx-users,&nbsp;</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="color: rgb(51, 51, 51); font-size: 10pt; background-color: rgb(255, 255, 255);">I am modelling a water droplet using a water box model, and have encountered unrealistic behaviour of equilibrating water on graphene, using GRAPPA force field in GROMACS 5.0.</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">The box size is about 30x30x15 nm.&nbsp;<span style="font-size: 10pt;">Structure-wise, the water models&nbsp;</span><span style="font-size: 10pt;">(2000, 6000, and 10,000 water molecules)</span><span style="font-size: 10pt;">&nbsp;appear to be spreading like a flat layer of solution, rather than a droplet.</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-size: 10pt;">Additionally, for the 10,000 molecules on graphene, water droplet was formed in vacuo above the surface.</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">I have posted some questions on GROMACS user list, however, I have yet to receive any feedback.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-size: 10pt;">Could anyone please look at my .mdp parameter and the .xtc trajectory files? I do not know what caused the spreading of water on graphene.</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 10pt;">There are two parameter settings that I have used, they are labeled as lincs-order=4 (larger temperature constant and time-step), and lincs-order=8 (smaller temperature constant and time-step).</span></p><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255);"><div><span style="font-size: 10pt;">The starting configuration (pdb), trajectories (xtc), and parameter (mdp) files are uploaded in my Google Drive:</span></div><div>​</div></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="font-size: 10pt;">https://drive.google.com/folderview?id=0B7ym8d6G9-e2Tlh4VGNSaDhCbmc&amp;usp=sharing</span></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">https://drive.google.com/folderview?id=0B7ym8d6G9-e2Rl9WaXNrUlVRa28&amp;usp=sharing</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><font color="#333333">https://drive.google.com/folderview?id=0B7ym8d6G9-e2bnFzbWN3VHVqbE0&amp;usp=sharing</font></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif;">Please let me know if you need more information/files on the GRAPPA-based calculations.&nbsp;</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">Any help will be tremendously appreciated.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">Regards,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; color: rgb(51, 51, 51); border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">Kester</p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/NzEyOTEw/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />