<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Dear gmx-users,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I have manually created a graphene.itp file for charmm27 forcefield calculations, with the intention to model the contact angle of water.&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">The atomic mass and charge values were obtained from the forcefield ffnonbonded.itp.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Could anyone please advise if my file is correct?</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ moleculetype ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">;name nrexcl</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">GRA &nbsp; 3</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ atoms ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; id &nbsp; at type &nbsp; resnum resname atname cg no charge mass</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp;1 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp;2 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp;3 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp;4 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp;5 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp;6 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp;7 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp;8 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp;9 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 9 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 10 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;10 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 11 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;11 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 12 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;12 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 13 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;13 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 14 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;14 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 15 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;15 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 16 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;16 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 17 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;17 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 18 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;18 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 19 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;19 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 20 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;20 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 21 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;21 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 22 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;22 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 23 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;23 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 24 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;24 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 25 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;25 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 26 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;26 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 27 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;27 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 28 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;28 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 29 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;29 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 30 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;30 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 31 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;31 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 32 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;32 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; 33 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;33 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</p><div><div>&nbsp; 34 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;34 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 35 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;35 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 36 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;36 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 37 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;37 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 38 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;38 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 39 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;39 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 40 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;40 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 41 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;41 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 42 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;42 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 43 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;43 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 44 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;44 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 45 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;45 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 46 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;46 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 47 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;47 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 48 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;48 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 49 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;49 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 50 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;50 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 51 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;51 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 52 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;52 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div></div><div><div>&nbsp; 53 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;53 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 54 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;54 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 55 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;55 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 56 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;56 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 57 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;57 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 58 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;58 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 59 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;59 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div><div>&nbsp; 60 &nbsp; C &nbsp;1 GRA &nbsp; C &nbsp; &nbsp;60 &nbsp;0.51 &nbsp; &nbsp;12.011</div></div><div><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">In the tutorial by Andrea Minoia (http://chembytes.wikidot.com/grocnt), all the charges of graphene were set to zero, but I have decided to keep the graphene surface charges.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Has anyone looked at the difference between the water/graphene interaction, having a charged graphene .itp file as opposed to zero charge itp?</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">When creating the tpr file for energy minimisation:&nbsp;gmx_mpi grompp -f em.mdp &nbsp;-c graphene_.gro -n system.ndx -o topol.tpr</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><font size="2">I received this:&nbsp;</font>&nbsp;System has non-zero total charge: 30.59999944.&nbsp;<span style="font-size: 10pt;">Total charge should normally be an integer.</span></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Will the partial charge of graphene affect the NVT run, apart from slowing it down?&nbsp;</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Regards,</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Kester</p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/NzE2NTU5/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />