<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Dear gromacs team,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I have recently converted a TIPS3P system (10k molecules) to a SWM4-NDP model.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">As I followed the instruction as listed below, I find it hard for beginners like me to convert the water structure:</span></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Changing_a_3_Point_Water_Model_to_a_4_Point_Water_Model</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;"></span></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">Notwithstanding, after doing some reading and tinkering on the .gro file formatting, and tinkering, I have managed to convert TIPS3P water to SWM4-NDP models.&nbsp;</span><span style="font-size: 10pt;">I find this technique very useful, as I think I could probably save some computing time by having the first few ns of the equilibration of SWM4-NDP model done in a less expensive way (e.g. 3-point water model). It can be applied for other water models too, e.g. TIP3P to TIP4P and TIP5P conversions.</span></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I have devised a short step-by-step note that I think might be useful to other gromacs users. This could also be a good opportunity to update the web page with more information?</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Please let me know if this is okay, and I will send the notes as a doc. attachment?</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Regards,</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Kester</p><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><p></p><p></p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/NzQ5NTU0/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />