<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Dear gromacs users,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Has anyone experienced a problem with running polarisable water model SWM4-NDP with the following warning:&nbsp;Shell particles are not implemented with domain decomposition?</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">The md.log also stated the following: Number of hardware threads detected (12) does not match the number reported by OpenMP (1). I don't think this is the cause, as this message was also found in my other "working" calculations.</p><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I have tried using OpenMP and also tried a variety of -ntmpi and -ntomp settings.&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">The same calculation did not work in GROMACS versions 5.0 and 5.0.1, in the following cluster:</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Gromacs version: &nbsp; &nbsp;VERSION 5.0.1</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Precision: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;double</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Memory model: &nbsp; &nbsp; &nbsp; 64 bit</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">MPI library: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;MPI</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">OpenMP support: &nbsp; &nbsp; enabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">GPU support: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;disabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">invsqrt routine: &nbsp; &nbsp;gmx_software_invsqrt(x)</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">SIMD instructions: &nbsp;NONE</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">FFT library: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fftw-3.3.3</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">RDTSCP usage: &nbsp; &nbsp; &nbsp; disabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">C++11 compilation: &nbsp;disabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">TNG support: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;enabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Tracing support: &nbsp; &nbsp;disabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Built on: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thu Sep 18 20:14:41 KST 2014</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Built by: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; root@master.hpc [CMAKE]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Build OS/arch: &nbsp; &nbsp; &nbsp;Linux 2.6.18-274.7.1.el5 x86_64</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Build CPU vendor: &nbsp; GenuineIntel</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Build CPU brand: &nbsp; &nbsp;Intel(R) Xeon(R) CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; X3220 &nbsp;@ 2.40GHz</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Build CPU family: &nbsp; 6 &nbsp; Model: 15 &nbsp; Stepping: 11</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Build CPU features: apic clfsh cmov cx8 cx16 lahf_lm mmx msr pdcm pse sse2 sse3 ssse3</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">C compiler: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /usr/bin/cc GNU 4.1.2</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">C compiler flags: &nbsp; &nbsp; &nbsp;-Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wno-sign-compare -Wpointer-arith -Wall -Wno-unused -Wunused-value -Wunused-parameter &nbsp; -fomit-frame-pointer -funroll-all-loops &nbsp; -O3 -DNDEBUG</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">C++ compiler: &nbsp; &nbsp; &nbsp; /usr/bin/c++ GNU 4.1.2</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">C++ compiler flags: &nbsp; &nbsp;-Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wpointer-arith -Wall -Wno-unused-function &nbsp; -fomit-frame-pointer -funroll-all-loops &nbsp; -O3 -DNDEBUG</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Boost version: &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.55.0 (internal)</p><div><br></div><div><div>Using 24 MPI processes</div><div>Using 1 OpenMP thread per MPI process</div></div><div><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">However, the same input files worked in another cluster (albeit very slowly, ~0.3ns/day).</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">Gromacs version: &nbsp; &nbsp;VERSION 5.0</span></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Precision: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;single</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Memory model: &nbsp; &nbsp; &nbsp; 64 bit</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">MPI library: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;MPI</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">OpenMP support: &nbsp; &nbsp; enabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">GPU support: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;disabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">invsqrt routine: &nbsp; &nbsp;gmx_software_invsqrt(x)</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">SIMD instructions: &nbsp;AVX_256</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">FFT library: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fftpack (built-in)</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">RDTSCP usage: &nbsp; &nbsp; &nbsp; enabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">C++11 compilation: &nbsp;disabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">TNG support: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;enabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Tracing support: &nbsp; &nbsp;disabled</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Built on: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thu Aug 28 16:44:08 KST 2014</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Built by: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; root@kant [CMAKE]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Build OS/arch: &nbsp; &nbsp; &nbsp;Linux 2.6.32-431.23.3.el6.x86_64 x86_64</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Build CPU vendor: &nbsp; GenuineIntel</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Build CPU brand: &nbsp; &nbsp;Intel(R) Core(TM) i5-4670 CPU @ 3.40GHz</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Build CPU family: &nbsp; 6 &nbsp; Model: 60 &nbsp; Stepping: 3</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Build CPU features: aes apic avx avx2 clfsh cmov cx8 cx16 f16c fma htt lahf_lm mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm pdpe1gb popcnt pse rdrnd rdtscp sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt x2apic</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">C compiler: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /usr/bin/gcc GNU 4.4.7</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">C compiler flags: &nbsp; &nbsp;-mavx &nbsp; -Wno-maybe-uninitialized -Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wno-sign-compare -Wpointer-arith -Wall -Wno-unused -Wunused-value -Wunused-parameter &nbsp; -fomit-frame-pointer -funroll-all-loops &nbsp;-Wno-array-bounds &nbsp;-O3 -DNDEBUG</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">C++ compiler: &nbsp; &nbsp; &nbsp; /usr/bin/g++ GNU 4.4.7</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">C++ compiler flags: &nbsp;-mavx &nbsp; -Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wpointer-arith -Wall -Wno-unused-function &nbsp; -fomit-frame-pointer -funroll-all-loops &nbsp;-Wno-array-bounds &nbsp;-O3 -DNDEBUG</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Boost version: &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.55.0 (internal)</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Using 1 MPI process</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Using 16 OpenMP threads</p><div><br></div><div>Regards,</div><div>Kester</div><div><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/NzU5OTk0/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />