<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Dear all,&nbsp;</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">I have been using the SWM4-NDP water model that works well with CHARMM27 force field.&nbsp;</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">The force field (most recent version) was obtained from virtualchemistry, and consists of polarisable ions and the SWM4-NDP water model from Lamoureux et al.</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">The water on graphene (energy minimisation and NVT) calculations are stable, and have produced a few NVT runs of up to 10ns.</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">I also compared the NVT runs with other previously calculated structures, namely, the visualised NVT runs are very much comparable to that obtained by CHARMM27 force field with TIPS3P water model.</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">However, as the polarisable H3O+ and Cl- ions are inserted into the simulation box, the NVT run tends to crash as a result of too many LINCS warnings.</span></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">I suspect that the constraints in the H3O is the cause of the LINCS warnings, and after removing the [ constraints ] in the topology file, the calculation seems to be running.</span></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 굴림, gulim, 돋움, dotum, AppleGothic; font-size: 12px; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">;[ constraints ]</p><p style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 굴림, gulim, 돋움, dotum, AppleGothic; font-size: 12px; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">;; i &nbsp; &nbsp; funct &nbsp; doh &nbsp; &nbsp; dhh</p><p style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 굴림, gulim, 돋움, dotum, AppleGothic; font-size: 12px; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">;1 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.102</p><p style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 굴림, gulim, 돋움, dotum, AppleGothic; font-size: 12px; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">;1 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.102</p><p style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 굴림, gulim, 돋움, dotum, AppleGothic; font-size: 12px; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">;1 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.102</p><p style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 굴림, gulim, 돋움, dotum, AppleGothic; font-size: 12px; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">;3 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.169124</p><p style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 굴림, gulim, 돋움, dotum, AppleGothic; font-size: 12px; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">;4 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.169124</p><p style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 굴림, gulim, 돋움, dotum, AppleGothic; font-size: 12px; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text; background-color: rgb(255, 255, 255);">;3 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.169124</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Can anyone please tell me if what I am doing is correct?&nbsp;</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">As I am not sure if removing the H3O constraints in the NVT run is appropriate.</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">With regard to the massless Drude and standard oxygen mass (thank you Justin for providing the information), I would like to know why are they not appropriate (as mentioned in the previous email) for the SWM4-NDP model?</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Thank you for taking the time to read this email. I would be more than happy to provide further details if needed.</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Regards,</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Kester</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/Nzk1NjUw/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />