<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Hi Mark,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">The H3O ion topology is defined as follows:</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; Hydronium and hydroxide parameters developend by M.G. Wolf</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; Hydronium</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ moleculetype ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; molname &nbsp; &nbsp; &nbsp; nrexcl</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">H3O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ atoms ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; id &nbsp; &nbsp;at type res nr &nbsp;residu name &nbsp; &nbsp; at name &nbsp; &nbsp; &nbsp;cg nr &nbsp; charge &nbsp; mass</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; SWM4-NDP_O2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; H3O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.852</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; SWM4-NDP_110b &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; H3O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.124 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; modified</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; SWM4-NDP_H2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; H3O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H31 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.424</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; SWM4-NDP_H2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; H3O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H32 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.424</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; SWM4-NDP_H2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; H3O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H33 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.424</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ polarization ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#ifdef POL2WATER</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp;0.0004195 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.02 &nbsp; 16.736e8</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#else</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0.0004195</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#endif</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; Initialy developed as a harmonic bond</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; Conversion: alpha=sqrt(qS)/(4*pi*eps0*CAL2J*A2NM*k) = &nbsp;138.9354492 * sqrt(qS)/k</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; [ bonds ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; 1 2 6 0 418400</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#ifdef FLEXIBLE</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ bonds ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.102 &nbsp; 400000</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.102 &nbsp; 400000</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.102 &nbsp; 400000</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ angles ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 109.47 &nbsp;400</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 109.47 &nbsp;400</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 109.47 &nbsp;400</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#else</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ constraints ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; i &nbsp; &nbsp; funct &nbsp; doh &nbsp; &nbsp; dhh</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.102</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.102</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.102</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">3 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.169124</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">4 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.169124</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">3 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.169124</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#endif</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ exclusions ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4</p><div><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">For example, within the SWM4-NDP system containing 2 ions that I have defined, I get something like this:</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Number of degrees of freedom in T-Coupling group GRA is 0.00</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Number of degrees of freedom in T-Coupling group SOL is 11985.00</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Number of degrees of freedom in T-Coupling group H3O is 9.00</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Number of degrees of freedom in T-Coupling group Cl- is 3.00</p><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;">I was able to then obtain the .tpr file, however, once the job is submitted, the fatal error reads:</div><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Inner product between old and new vector &lt;= 0.0!</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">constraint #5 atoms 46282 and 46283</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Wrote pdb files with previous and current coordinates</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Inner product between old and new vector &lt;= 0.0!</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">constraint #4 atoms 46281 and 46283</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Back Off! I just backed up step0b.pdb to ./#step0b.pdb.1#</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Back Off! I just backed up step0c.pdb to ./#step0c.pdb.1#</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Wrote pdb files with previous and current coordinates</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">starting mdrun 'Water with ions'</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">5000000 steps, &nbsp; 5000.0 ps.</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Inner product between old and new vector &lt;= 0.0!</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">constraint #5 atoms 46282 and 46283</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Back Off! I just backed up step0b.pdb to ./#step0b.pdb.2#</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Back Off! I just backed up step0c.pdb to ./#step0c.pdb.2#</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Wrote pdb files with previous and current coordinates</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">-------------------------------------------------------</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Program gmx_mpi, VERSION 5.0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Source code file: /share/gromacs-5.0/src/gromacs/mdlib/coupling.c, line: 1439</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Fatal error:</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">The v-rescale thermostat was called with a group with #DOF=2.999250, but for #DOF&lt;3 only integer #DOF are supported</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">-------------------------------------------------------</p><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>The SWM4-NDP file can be downloaded directly from virtualchemistry.org</div><div><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Cheers,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Kester</p><div style="font-family: 돋움, arial; font-size: 12px; margin-top: 30px; margin-left: 0.8em; color: rgb(0, 102, 204); font-weight: bold;">--------- 원본 메일 ---------</div><blockquote style="font-family: Gulim; font-size: 12px; border-left-style: solid; border-left-width: 2px; margin: 0pt 0pt 0pt 0.8em; padding-left: 1em;"><div style="font-family:arial,돋움;line-height:1.5"><b>보낸사람</b> : Mark Abraham &lt;mark.j.abraham@gmail.com&gt;<br><b>받는사람</b> : Discussion list for GROMACS us &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b>받은날짜</b> : 2014년 10월 10일(금) 21:35:03<br><b>제목</b> : Re: [gmx-users] v-rescale fatal error<br><!-- original content --><div style="margin-top:5px;"><pre>Hi Kester,

Glad it's resolved. I am curious what (H3O+?) molecule definition led to
that computation of the DOF? That code is not tested at all...

Mark

On Fri, Oct 10, 2014 at 2:03 PM, Kester Wong <kester2014@ibs.re.kr> wrote:

&gt; Hi Justin and all,
&gt;
&gt;
&gt; The same mistake will not be repeated.
&gt;
&gt; The ions are now defined in the residuetypes.dat file and should be
&gt; grouped together.
&gt;
&gt;
&gt;
&gt; -From lessons learned, comes better performance.
&gt;
&gt; Thank you all.
&gt;
&gt; Kester
&gt; --------- 원본 메일 ---------
&gt;
&gt; *보낸사람* : Justin Lemkul <jalemkul@vt.edu>
&gt; *받는사람* : <gmx-users@gromacs.org>
&gt; *받은날짜* : 2014년 10월 10일(금) 20:38:56
&gt; *제목* : Re: [gmx-users] v-rescale fatal error
&gt;
&gt; On 10/10/14 7:36 AM, Kester Wong wrote:
&gt; &gt; Hi Mark,
&gt; &gt;
&gt; &gt;
&gt; &gt; I think it was due to the charged groups in  my temp. coupling setting; I had
&gt; &gt; the H3O cation(s) and Cl anion(s) grouped separately:
&gt; &gt;
&gt; &gt; tc-grps                  = GRA SOL H3O Cl-
&gt; &gt;
&gt; &gt; ; Time constant (ps) and reference temperature (K)
&gt; &gt;
&gt; &gt; tau-t                    = 0.5 0.5 0.5 0.5
&gt; &gt;
&gt; &gt; ref-t                    = 300 300 300 300
&gt; &gt;
&gt; &gt;
&gt; &gt; Calculations run fine once I grouped the ions together, or water+ions.
&gt; &gt;
&gt;
&gt; You shouldn't couple ions separately from the solvent; that's just not stable.
&gt;
&gt; -Justin
&gt;
&gt; --
&gt; ==================================================
&gt;
&gt; Justin A. Lemkul, Ph.D.
&gt; Ruth L. Kirschstein NRSA Postdoctoral Fellow
&gt;
&gt; Department of Pharmaceutical Sciences
&gt; School of Pharmacy
&gt; Health Sciences Facility II, Room 601
&gt; University of Maryland, Baltimore
&gt; 20 Penn St.
&gt; Baltimore, MD 21201
&gt;
&gt; jalemkul@outerbanks.umaryland.edu | (410) 706-7441http://mackerell.umaryland.edu/~jalemkul
&gt;
&gt; ==================================================
&gt; --
&gt; Gromacs Users mailing list
&gt;
&gt; * Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting!
&gt;
&gt; * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists
&gt;
&gt; * For (un)subscribe requests visithttps://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.
&gt;
&gt;
&gt;
&gt; --
&gt; Gromacs Users mailing list
&gt;
&gt; * Please search the archive at
&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before
&gt; posting!
&gt;
&gt; * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists
&gt;
&gt; * For (un)subscribe requests visit
&gt; https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or
&gt; send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.
&gt;
&gt;
-- 
Gromacs Users mailing list

* Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting!

* Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists

* For (un)subscribe requests visit
https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.
</gmx-users@gromacs.org></jalemkul@vt.edu></kester2014@ibs.re.kr></pre></div><!-- original content --><br></div></blockquote></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/ODM2NjY0/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />