
<html><body><span style="font-family:Tahoma; color:#000000; font-size:10pt;"><div><span style="font-family:Tahoma; color:#000000; font-size:10pt;"><div><span style="font-family:Tahoma; color:#000000; font-size:10pt;"><div>Fellow users,</div><div><br></div><div>I have read several emails exchanged in this discussion list where g_dist is presented as a better choice for observing salt bridges in the trajectory. And I'm totally inclined to agree with that, but that would be the case where you already know which are the SBs present in the system. If one has this information, he could easily create groups of individual residues (which would actually contain just the ionazable atoms and their hydrogens, depricating the carbons and other atoms) and observe how the salt bridges behave.</div><div><br></div><div>My question is concerning the situation where you still don't know which are the salt bridges in the system and, after that, which are the ones you should take a closer look (I think the obvious approach would be to search literature, but that is not always successful).</div><div><br></div><div>Justin Lemkul has mentioned, in two diferent discussions, using g_dist to "track persistence of interactions" and "looping calculations" to address the situation I've just mentioned.</div><div><br></div><div>Could someone elaborate on those? I am confused as to what they actually mean and how to proceed (especially in the case of "looping calculations").</div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div><br></div><div>Diogo<br></div></span></div></span></div></span></body></html>