<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Dear all,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I would like to know if this would cause a difference in MD calculations (text highlighted in red):</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">The assigned mass for the hydroxide O-atom seems to be inconsistent. Was the zero atomic mass set with a specific purpose?</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">#define SHELLPTYPE S</span></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#define SHELLMASS &nbsp;0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#define OXYGENMASS 15.9994</p><div><br></div><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ atomtypes ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; name &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;btype &nbsp; mass &nbsp; &nbsp;charge &nbsp; ptype &nbsp; &nbsp; sigma &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;epsilon</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">&nbsp;SWM4-NDP_110a &nbsp;OD &nbsp; &nbsp;SHELLMASS &nbsp; &nbsp;-1.71636 &nbsp; &nbsp;SHELLPTYPE &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</span></p><div><span style="font-size: 10pt;">&nbsp;SWM4-NDP_OV1 &nbsp; OV1 &nbsp; &nbsp; 1.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.24 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.294191</span></div><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;SWM4-NDP_OV2 &nbsp; OV2 &nbsp; &nbsp; 0.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0 &nbsp; &nbsp; D &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.28 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.294191</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;SWM4-NDP_H &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.008 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.07 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.294191</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;SWM4-NDP_qH &nbsp; &nbsp;qH &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.23 &nbsp; &nbsp; D &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;<font color="#ff0000">SWM4-NDP_O &nbsp; &nbsp; O &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.203 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</font></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">; Hydroxide</span></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ moleculetype ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; molname &nbsp; &nbsp; &nbsp; nrexcl</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">OH- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ atoms ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; id &nbsp; &nbsp;at type res nr &nbsp;residu name &nbsp; &nbsp; at name &nbsp; &nbsp; &nbsp;cg nr &nbsp; charge &nbsp; mass</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;<font color="#ff0000">1 &nbsp; &nbsp;SWM4-NDP_O &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OH- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.202 &nbsp;11.998</font></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;2 &nbsp; &nbsp;SWM4-NDP_110a &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OH- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OS &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.432 &nbsp; 0.00</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;3 &nbsp; &nbsp;SWM4-NDP_H &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OH- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp;1.008</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;4 &nbsp; &nbsp;SWM4-NDP_OV1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OH- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OV1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp;1.0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;5 &nbsp; &nbsp;SWM4-NDP_OV1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OH- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OV1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp;1.0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;6 &nbsp; &nbsp;SWM4-NDP_OV1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OH- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OV1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp;1.0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;7 &nbsp; &nbsp;SWM4-NDP_OV1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OH- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OV1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp;1.0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;8 &nbsp; &nbsp;SWM4-NDP_OV2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OH- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OV2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp;0.00</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;9 &nbsp; &nbsp;SWM4-NDP_qH &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; OH- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;qH &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.23 &nbsp; &nbsp;0.00</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ polarization ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#ifdef POL2WATER</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp;0.0006809 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.02 &nbsp; 16.736e8</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#else</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;0.0006809</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#endif</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; Initialy developed as a harmonic bond</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; Conversion: alpha=sqrt(qS)/(4*pi*eps0*CAL2J*A2NM*k) = &nbsp;138.9354492 * sqrt(qS)/k</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; [ bonds ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; 1 2 6 0.0 418400</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ constraints ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;3 1 1 0.0968</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;4 1 1 0.1463</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;5 1 1 0.1463</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;6 1 1 0.1463</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;7 1 1 0.1463</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;4 6 1 0.1979</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;6 5 1 0.1979</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;5 7 1 0.1979</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;7 4 1 0.1979</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#ifdef CONSTRAINTS</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ constraints ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;3 4 1 0.15</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;3 5 1 0.15</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;3 6 1 0.15</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; A fourth constraint would make the system redundant and therefore</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; numerically unstable.</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; 3 7 1 0.15</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#else</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ angles ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;3 1 4 1 73.11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 683</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;3 1 5 1 73.11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 683</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;3 1 6 1 73.11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 683</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;3 1 7 1 73.11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 683</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">#endif</p><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ dummies2 ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp; 8 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;1.4390</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp; &nbsp; 9 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; -0.3099</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ exclusions ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;1 2 3 4 5 6 7 8 9</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;2 1 3 4 5 6 7 8 9</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;3 1 2 4 5 6 7 8 9</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;4 1 2 3 5 6 7 8 9</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;5 1 2 3 4 6 7 8 9</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;6 1 2 3 4 5 7 8 9</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;7 1 2 3 4 5 6 8 9</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;8 1 2 3 4 5 6 7 9</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">&nbsp;9 1 2 3 4 5 6 7 8</p><div><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">If I am to add/define graphene's bonded and nonbonded parameters into the SWM4-NDP force field, using CHARMM27 parameters, should I take into consideration the fudgeLJ and fudgeQQ differences (0.5 fudge LJ and fudgeQQ in SWM4-NDP, 1.0 for fudgeLJ and fudgeQQ in CHARMM27)? The comb-rules are the same (no.2).</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Thanks in advance!</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Kester</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/ODY2MjQ4/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />