<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Dear all,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I am intrigued by the error that I have received this morning, as follows:</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">The charge group starting at atom 37920 moved more than the distance allowed by the domain decomposition (1.400000) in direction Y</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">distance out of cell 7.144197</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Old coordinates: &nbsp; 54.499 &nbsp; 39.697 &nbsp; 14.058</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">New coordinates: &nbsp; 54.499 &nbsp; 39.697 &nbsp; 14.058</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Old cell boundaries in direction Y: &nbsp; 19.468 &nbsp; 32.846</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">New cell boundaries in direction Y: &nbsp; 18.667 &nbsp; 32.553</p><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">If the charge group moved, if any, then shouldn't the new coordinates be showing different values?</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">It was a new NPT calculation that I continued from a 20ns NVT run, so it should be equilibrated well enough, for a simple water on graphene system.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Using GROMACS 5.0, I was unable to start the NPT with Berendsen thermostat, so I had to go with Parrinello-Rahman with a tau-P at 5.0 (my tau-T was 0.5, following the general rule of thumb, that tau-P should be larger than tau-T to allow thermal degrees of freedom to equilibrate faster than the box size).</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Should I reduce tau-P?</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Below is my NPT.mdp parameters:</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; RUN CONTROL PARAMETERS</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = md</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">tinit &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 20000.000</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.002 &nbsp; &nbsp;; &nbsp;2 fs</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 5000000 &nbsp;; 10,000 ps</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">comm-mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Linear</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.001</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">niter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 30</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; OUTPUT CONTROL OPTIONS</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 5000 &nbsp; &nbsp;; save coordinates every 8 ps</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 5000 &nbsp; &nbsp;; save velocities every 8 ps</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 5000 &nbsp; &nbsp;; update log file every 8 ps</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 5000 &nbsp; &nbsp;; save energies every 8 ps</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">;nstxtcout is replaced with nstxout-compressed</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">nstxout-compressed &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 5000 &nbsp; &nbsp;; no. of steps between writing coordinates using lossy compression</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">;xtc-precision is replaced with compressed-x-precision</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">compressed-x-precision &nbsp; = 3000 &nbsp; &nbsp;; precision with which to write to the compressed trajectory file</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">cutoff-scheme &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Verlet ; default for GROMACS-5.0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; A smaller nstlist may reduce LINCS warnings</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">ns-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= grid &nbsp; ;</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= xyz</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">;periodic_molecules &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes &nbsp;; cannot be used with SHAKE</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; nblist cut-off</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.40 &nbsp; ; short-range neighbourlist cutoff</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">nstcalclr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= PME</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">coulomb-modifier &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Potential-shift-Verlet</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">r_coulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.40 &nbsp;; short-range electrostatic cutoff</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">rcoulomb-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0 &nbsp; &nbsp; ; used when potential-switch (coulomb-modifier) is specified</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">epsilon-r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1 &nbsp; &nbsp; ; default value=1</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">pme_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">fourierspacing &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.12</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">fourier_nx &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">fourier_ny &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">fourier_nz &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1e-05</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">ewald_geometry &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 3d</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">epsilon_surface &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; Use 0 when simulation is done with PME</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">;vdw-type = switch is replaced with the following two flags in GROMACS-5.0</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">vdwtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Cut-off</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">vdw_modifier &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Potential-switch</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; cut-off lengths</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">rvdw-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.00</p><div><div>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.40 &nbsp; ; short-range van der Waals cutoff</div><div><br></div><div>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= none</div><div>constraint-algorithm &nbsp; &nbsp; = SHAKE</div><div>continuation &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes &nbsp; &nbsp;; starting from NVT run</div><div>Shake-SOR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no</div><div>shake-tol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.0001</div><div>;lincs-order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4 &nbsp; &nbsp; ; accuracy of LINCS</div><div>;lincs-iter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 24 &nbsp; &nbsp;; also related to accuracy</div><div>; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond</div><div>; rotates over more degrees than</div><div>;lincs-warnangle &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 30</div><div><br></div><div>Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = v-rescale</div><div>nh-chain-length &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1 &nbsp; &nbsp;; the leapfrog md integrator only supports 1</div><div>; Groups to couple separately</div><div>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= GRA SOL</div><div>; Time constant (ps) and reference temperature (K)</div><div>tau-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.5 0.5</div><div>ref-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 300 300</div><div>nsttcouple &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 20 &nbsp;; added by k-wong ; not specified in Yanbin's MDP</div><div><br></div><div>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Parrinello-Rahman</div><div>Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = isotropic</div><div>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)</div><div>tau-p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 5.0 &nbsp;; time constant in ps</div><div>compressibility &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4.5e-5 &nbsp;; isothermal compressibility of water, bar^-1</div><div>ref-p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0 &nbsp;; reference pressure, in bar</div><div><br></div><div><br></div><div>; Non-equilibrium MD stuff</div><div>freezegrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = GRA</div><div>freezedim &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Y Y Y</div><div><br></div><div>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no</div><div>;gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 300</div><div>;gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 173529</div></div><div><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Thanks in advance!</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Regards,</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Kester</p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/ODc4NTgz/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />